解决方案

Question

我有一个Rstudio项目，我一直在努力。自从我上次将Rstudio更新为1.0.143 - Mac OS X 10.6+（64位）后，该项目无法启动。我认为它可能与一个在启动时自动加载的软件包相关联，无论出于何种原因还没有决定停止使用R / Rstudio。 XLConnect ...

我尝试从目录中删除.RData，.Rhistory和.Rproj.user。只删除.RData工作，Rstudio启动没有问题。我似乎在目录，我的主目录或站点范围的文件中没有任何.RProfile文件。

现在我甚至无法打开Rstudio会话，因为它崩溃并出现错误

R encountered a fatal error. The session was terminated.

我可以毫无问题地打开其他Rstudio会话。

当我打开一个单独的R会话（没有R工作室）并尝试

时

load('path/to/.RData')

我收到以下错误消息：

*抓住了段错*   地址0x18，导致'内存未映射'

回溯：   1：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）

2：library.dynam（lib，package，package.lib）

3：loadNamespace（j＆lt; - i [[1L]]，c（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = vI [[j]]）

4：asNamespace（ns）

5：namespaceImportFrom（ns，loadNamespace（j＆lt; - i [[1L]]，c（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = vI [[j]]），i [[2L]] ，from = package）

6：loadNamespace（name）

7：doTryCatch（return（expr），name，parentenv，handler）

8：tryCatchOne（expr，names，parentenv，handlers [[1L]]）

9：tryCatchList（expr，classes，parentenv，handlers）

10：tryCatch（loadNamespace（name），error = function（e）{warning（gettextf（“namespace％s不可用且已经

在处理对象％s“，sQuote（名称）[1L]，sQuote（where）），domain = NA，call。=＆gt; FALSE，immediate。= TRUE）.GlobalEnv}）<时替换\ n。。GlobalEnv / p>
11：.. getNamespace（c（“openxlsx”，“4.0.17”），“uwc.sel.book”）

12：加载（“./ Dropbox / OxfordTT2017 / DNAextraction_26052017 / ColWork2017 / Fielddata_04052016 / .RData”）

可能的行动：

1：abort（使用核心转储，如果启用）

2：正常退出

3：退出R而不保存工作区

4：退出R保存工作区

所以我正在寻找一种方法来阻止Rstudio会话在启动时加载包（我不知道它为什么会这样做，因为我不记得设置任何类型的RProfile ..）。

Answer 1

似乎你在以前的RStudio seeion中创建了一些对象，他们需要某些包。关闭RStudio时，您的工作区已保存在.RData文件中。然后，如果再次启动该项目，RStudio将尝试恢复最后一个工作区，但这些对象需要某些包才能工作。所以你看到RStudio在启动时加载了这些包。

例如，创建一个新的RStudio项目。

install.packages('phylobase')
library(phylobase)
mytree <- phylo4(x=matrix(data=c(4,1, 4,5, 5,2, 5,3, 0,4), ncol=2, byrow=TRUE), tip.label=c("speciesA", "speciesB", "speciesC"))

关闭该项目并重新打开它（确保保存工作区）。

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
...
Type 'q()' to quit R.

[Workspace loaded from W:/work/Git/bookdown-minimal/.RData]

Loading required package: phylobase
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:phylobase" "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 [6] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"        
[11] "package:base"

mytree是一个S4类对象，您可以看到 phylobase 会自动加载。您可以参考S4课程的文档。

解决方案

您必须安装所需的软件包或放弃.RData文件。
您可以通过Tools - ＆gt;停止RStudio在启动时加载软件包Global Options...取消选中Resotore .RData into workspace at startup。除非您执行1.

.RData

Answer 2

所以这就是我为解决问题所做的工作：

以下所有内容都位于包含*.RProj文件的目录中。

首先，我通过在终端中运行它来“隐藏”.RData文件。

mv .RData ./.RData_old

接下来，我在R会话（不是Rstudio）中运行它：

remove.packages('XLConnect', 'XLConnectJars')

然后我关闭了R会话并打开了Rstudio项目，以确保它在没有RData文件的情况下打开。

之后我收回了我的RData文件

mv .RData_old ./.RData

最后我再次打开了项目文件，然后！

它抱怨没有安装包但至少我知道需要哪些包。而且，我的数据和结果不会丢失。

如何在Rstudio中启动时停止加载包

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