应用错误收集

标题可能不太清楚，但为了简要说明，我正在将一些生物网络如蛋白质网络应用于编程。我想使用广度优先搜索来计算一些值。以下是我正在使用的网络示例：

在旁注中，仅仅因为未命名节点并不意味着它不是节点。只是意味着它的名称对网络来说并不重要。

更简单的例子：

我的问题是我需要用一个数据结构来表示这个网络，我需要用它来为每个节点计算2个值：

我需要为网络中每个单个节点计算这些值。 Python浮现在脑海中，因为它是生物信息学的标准，但我对其他具有潜在内置结构的语言持开放态度。在Python中，唯一想到的是某种形式的DFA /字典类型的交易来代表这种网络，但我在这里发布问题，看看是否有其他人有更好的想法。