Question

我有一个简单的.txt文件格式如下：

V1  V2  V3  V4  V5  V6
1   Lepirudin           DB00001 1   BE0000048   Prothrombin                                               
2   Cetuximab           DB00002 1   BE0000767   Epidermal growth factor receptor                          
2   Cetuximab           DB00002 2   BE0000901   Low affinity immunoglobulin gamma Fc region

我想在文件中读取然后处理内容。但是，当我尝试使用read.table()读取上面的文件时，我收到以下错误消息：

OutputFileContent <- read.table("Data.txt",header=FALSE)

OutputFileContent＆lt; - read.table（＆＃34; Data.txt＆＃34;，header = FALSE）
      扫描错误（file = file，what = what，sep = sep，quote = quote，dec = dec，：
        第1行没有13个元素

OutputFileContent <- read.table("Data.txt",header=TRUE)

OutputFileContent＆lt; - read.table（＆＃34; Data.txt＆＃34;，header = TRUE）
      read.table出错（＆＃34; EdgeList_Experiment.txt＆＃34;，header = TRUE）：
        列数多于列名

...即使有6列和6列名称......

当输入文件是一个简单的小.txt文件时，有人可以建议为什么即使这个看似简单的函数调用失败了吗？提前感谢您的见解。

Answer 1

1）删除.txt文件中列之间的空格。使用在列之间点击以分隔如下。

V1  V2  V3  V4  V5  V6
1   Lepirudin   DB00001 1   BE0000048   Prothrombin
2   Cetuximab   DB00002 1   BE0000767   Epidermal growth factor receptor
2   Cetuximab   DB00002 2   BE0000901   Low affinity immunoglobulin gamma Fc region

2）OutputFileContent＆lt; - read.table（＆＃34; ttt.txt＆＃34;，header = TRUE，sep =＆＃39; \ t＆＃39;）

Answer 2

感谢您提出的有用建议。

为了解决orizon的问题，该文件是使用以下内容生成的：

write.fwf(CompositeMatrix,file="Data.txt",sep="\t", quote=F, rownames=F, colnames=F)

关于S Rivero的使用建议： OutputFileContent＆lt; - read.table（“Data.txt”，header = TRUE，sep =“\ t”，quote =“”）

...这很有效，除了由于某种原因“X1”在第一行内容中插入两次。

关于JKim建议删除文本文件中列之间的空格并使用建议的函数调用，这是有效的，除了在第一行值中插入了一个X1实例，并且整个第一行被移位显着向右，并且内容错误如下：

X1.Lepirudin...........DB00001.1..BE0000048.Prothrombin

感谢您的投入，并将继续努力解决这些问题。

read.table（）不使用简单的输入.txt文件

2 个答案: