下午好，
我正在浏览Nei-Gojobori算法或Ka / Ks比率的实现 - 非同义密码子和同义密码子变化之间的比率。
我发现了三个实现，所有这些都声称是该算法的正确实现。
实施1 - https://github.com/adelq/dnds
实施2 - https://edwards.sdsu.edu/research/wp-content/uploads/2016/03/Vito__SRS16.pdf
实施3 - 我自己的版本基于计算基因组学导论（Cristianini，Hahn）的算法讨论而编写。
运行实现2（Sequence1 - GTTATGAAGACC;和Sequence2 - GTACTGAAAACC;）中的示例，我得到以下结果：
实施1 - 1/6 实施2 - 0.12 实施3 - 0.0729751
实现2没有考虑两个序列上的同义和非同义站点的平均值。
哪种实施方法是正确的？ 我想知道哪个是正确的程序，因此我可以将该逻辑向上扩展，以允许> 2个序列。
谢谢， Ú