Question

在Windows上与rstan一起使用时，我有以下Stan代码可以正常工作。但是，当在具有Linux（CentOS 6）的集群上运行时，它会抛出一个非常长的错误，包括~500行，我猜，Rcpp代码，最后一个块如下：

compileCode出错（f，代码，语言=语言，详细=详细）：编译错误，未创建的功能/方法！在/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp(15）中包含的文件中，来自/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math.hpp(4），来自/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp(4），来自file6ff02c925624.cpp（8）： /general/software/x86_64/tamusc/R_tamu/R_LIBS/3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/RcppEigen/include/Eigen/src/Cholesky/LLT.h(57）：错误： class“Eigen :: Ref＆gt;”没有会员“选项” Options = MatrixType :: Options， ^ 在“/ scratch / user / siamak / R_libs / StanHeaders / include / stan /”的第247行实例化“Eigen :: LLT＆lt; _MatrixType，_UpLo＆gt; [with _MatrixType = Eigen :: Ref＆gt;，_UpLo = 1]”类中检测到数学/转/垫/好玩/ cholesky_decompose.hpp” 在包含的文件中另外：警告信息：运行命令'/sw/eb/software/R/3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/lib64/R/bin/R CMD SHLIB file6ff02c925624.cpp 2＆gt; file6ff02c925624.cpp.err.txt'状态为1

有什么意见吗？

data{
int<lower=0> n;          //number of points
int<lower=1> d;          //dimension
int<lower=1> G;          //number of groups
int<lower=0> M;
int<lower=1> Jg[M];
int<lower=1> Start[G];
int<lower=1> End[G];
int<lower=1,upper=G> Ig[n];
matrix[d,n] X;
cov_matrix[d] Lambda;
real<lower=d-1> nu;
cov_matrix[d] B;
vector[d] m;
}

parameters{
vector[d] mu;            //mean
cov_matrix[d] Sigma;   //covariance
}


model{
//prior
Sigma ~ inv_wishart(nu,Lambda);
mu ~ multi_normal(m,B);
//likelihood
for (i in 1:n){
    X[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],i] ~ 
 multi_normal(mu[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]],
    Sigma[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]]);
    }
 }

Answer 1

问题是gcc6编译器。我从源头重新安装了rstan和Rcpp软件包并解决了问题！

Stan代码适用于Windows，但不适用于Linux

1 个答案: