所以我使用all_shortest_paths来获取输出,如下所示:
PathsE
$res[[1]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin GGA1 Ubiquitin PIMT
$res[[2]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin TrkA PLK1 PIMT
$res[[3]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin APP JAB1 PIMT
我想将其转换为数据框,以便我可以操作它。 作为参考,我希望数据框看起来像这样:
Prot1 Prot2 Prot3 Prot4
Pathway1 Sortilin GGA1 PLK1 PIMT
Pathway2 Sortilin TrkA PLK1 PIMT
Pathway3 Sortilin APP JAB1 PIMT
*我知道如何更改轴名称
我试过了
PathsDF<-as.data.frame(PathsE)
但是我收到了这个错误:
as.data.frame.default(x [[i]],可选= TRUE)出错: 不能强迫类“”igraph.vs“”到data.frame
我也试过这个:
PathDF <- as.data.frame(get.edgelist(PathsE))
但我收到此错误
get.edgelist(PathsE)中的错误:不是图形对象
当我使用
检查数据时class(PathsEF)
它说这是一个清单。但是当我使用
时str(PathsE)
它看起来像这样:
..$ :Class 'igraph.vs' atomic [1:4] 338 204 40 913
.. .. ..- attr(*, "env")=<weakref>
.. .. ..- attr(*, "graph")= chr "717e99fb-b7db-4e35-8fd3-1d8d741e6612"
etc
对我来说看起来像一个矩阵。
根据这些信息,您是否对如何将其转换为数据框有任何想法。如果我遗漏任何明显的东西,我很抱歉 - 我对R来说很新!
答案 0 :(得分:4)
首先,澄清几点。 all_shortest_paths
创建的对象是一个包含两个元素的列表:1)res
和2)nrgeo
。 res
对象也是一个列表 - 但是igraph.vs
个对象的列表。 igraph.vs
对象是一个igraph
特定对象,称为顶点序列。 Base R函数不知道如何处理它。因此,我们使用as_id
函数将igraph.vs
对象转换为ID向量。
由于PathsE$res
是igraph.vs
个对象的列表,因此您需要遍历列表并将其折叠为数据框。有几种方法可以做到这一点。这是一个:
set.seed(6857)
g <- sample_smallworld(1, 100, 5, 0.05) #Building a random graph
sp <- all_shortest_paths(g, 5, 70)
mat <- sapply(sp$res, as_ids)
#sapply iterates the function as_ids over all elements in the list sp$res and collapses it into a matrix
这会产生一个矩阵,但请注意它是你想要的转置:
> mat
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 5 5 5 5
[2,] 100 4 100 1
[3,] 95 65 65 75
[4,] 70 70 70 70
所以,转置它并转换为数据框:
> df <- as.data.frame(t(mat))
V1 V2 V3 V4
1 5 100 95 70
2 5 4 65 70
3 5 100 65 70
4 5 1 75 70
我们可以在一行代码中执行此操作:
set.seed(6857)
g <- sample_smallworld(1, 100, 5, 0.05)
sp <- all_shortest_paths(g, 5, 70)
df <- as.dataframe(t(sapply(sp$res, as_ids)))
答案 1 :(得分:1)
实际上,这很简单:
data.frame <- get.data.frame(g, what= c("vertices", "edges", "both") )
请注意选择&#34;什么&#34;选项。
您也可以使用以下脚本将其保存为.csv格式:
write.csv(data.frame, "data.frame.csv")