Question

chr1    1   10  el1
chr1    13  20  el2
chr1    50  55  el3

我有这个制表符分隔文件，我想使用perl提取第二和第三列。我怎么能这样做？

我尝试使用文件处理程序读取文件并将其存储在字符串中，然后将字符串转换为数组，但它并没有让我随时随地。

我的尝试是：

while (defined($line=<FILE_HANDLE>)) {
    my @tf1;
    @tf1 = split(/\t/ , $line);
}

Answer 1

只需在选项卡上自动分割

#                                      ↓ index starts on 0
$ perl -F'\t' -lane'print join ",", @F[1,2]' inputfile

输出：

1,10
13,20
50,55

请参阅perlrun。

Answer 2

use strict;

my $input=shift or die "must provide <input_file> as an argument\n";

open(my $in,"<",$input) or die "Cannot open $input for reading: $!";

while(<$in>)
{
    my @tf1=split(/\t/,$_);
    print "$tf1[1]|$tf1[2]\n"; # $tf1[1] is the second column and $tf1[2] is the third column
}
close($in)

Answer 3

你有什么问题？你的代码已经完成了所有困难的部分。

while (defined($line=<FILE_HANDLE>)) {
    my @tf1;
    @tf1 = split(/\t/ , $line);
}

你的@tf1数组中有三列（顺便说一下 - 你的变量命名需要认真工作！）你现在需要做的就是从数组中打印第二和第三个元素（但请记住Perl数组元素从零开始编号。

print "$tf1[1] / $tf1[2]\n";

利用Perl的默认行为，可以大大简化您的代码。

while (<FILE_HANDLE>) {          # Store record in $_
    my @tf1 = split(/\t/);       # Declare and initialise on one line
                                 # split() works on $_ by default
    print "$tf1[1] / $tf1[2]\n";
}

Answer 4

比@daxim更简洁：作为单线：

perl -aE 'say "@F[1,2]" ' file

另请参阅：How to sort an array or table by column in perl?

如何在perl中提取特定列？

4 个答案: