在R中使用来自geiger包的treedata（）时出错

Question

我正在尝试运行以下代码行：

tree <- read.nexus("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/Phylogenies/Fish_12Tax_time_calibrated.tre");
characterTable <- read.csv("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/CodingTableThresh95.csv", row.names = 1);
treeWData <- treedata(tree, characterTable, sort = T);

上周我运行此代码时，它运行良好。然后，我将所有软件包更新为日常维护的一部分，现在我收到此错误：

整数错误（max（oldnodes））：矢量大小不能是无限的 另外：警告信息： 在max（oldnodes）中：max没有非缺失参数;返回-Inf

我已经尝试回滚到以前版本的R（我目前在RStudio 1.0.143中运行R版本3.4.0; geiger是版本2.0.6），以Newick的形式读取树，并尝试其他树文件，总是导致相同的错误。当我尝试使用其他树和角色数据集时，我没有收到错误。

这个错误意味着什么，和/或如何在不抛出此错误的情况下运行此代码？

Answer 1

在仔细检查错误之后，我发现系统发育文件中的分类单元名称用下划线分隔，而表格中的分类单元名称使用了驼峰名称。因此，抛出错误是因为系统发育中的分类单元没有映射到字符表。