heatmap2 lmat，lhei，lwid参数？

Question

我正在尝试用R中的树状图制作热图。我也试图使其颜色矩阵位于热图的底部。据我所知，我必须为此更改lmat的值。到目前为止，对于lmat我有类似的东西。

 lmat=rbind(c(0,3,0), c(2,1,0), c(0,4,0)).

运行后，它要求我更新lhei和lwid值。查看文档后，我了解这些是列宽和行高的向量。但我不理解他们的价值所需的多个价值观。例如，当我设置此项时，我收到此错误。

  lhei must have length = nrow(lmat) = 3

我不确定lhei的三个值是对应的。这引出了一个更广泛的问题，lhei和lwid向量中的每个值对应于什么？

Answer 1

lhei是图中行的相对高度。 R中的热图有点棘手。图形设备（想想要绘制的画布）被划分为一个网格，其中将绘制热图的每个元素：颜色键，树状图和热图。这使得2x2网格。当您添加colsideColors或rowidecolors时，网格在适当的维度中展开1（例如，添加colsidecolors时再增加1行）。当你添加这个额外的行时，你需要告诉R它需要多少（相对）空间。

mat <- matrix(rnorm(200), nrow = 20)
colCols <- rep(c("red", "blue"), 5)
heatmap.2(mat, trace="none", ColSideColors = colCols,
          lmat=rbind(c(5,4), c(3,2), c(0,1)),
          lhei=c(2,4,0.2))

Answer 2

lmat代表布局矩阵，而在热图2中，默认值是2x2矩阵，用于组织四个分量（1 =热图，2 =行树形图，3 = col树形图，4 =密钥），如下所示： lmat = rbind（c（4,3），c（2,1）） 你的错误“lhei必须有长度= nrow（lmat）= 3”，因为你需要指定新的lhei或布局行高，你的代码现在是3行。在视觉上，它有助于以堆叠格式组织此代码。在您的示例中，我可以清楚地看到键位于热图下方，而零则用作填充。