使用Python的reduce()连接多个PySpark DataFrame

时间:2017-07-07 18:32:45

标签: python python-3.x pyspark spark-dataframe pyspark-sql

有谁知道为什么使用Python3' functools.reduce()会导致加入多个PySpark DataFrame时性能更差,而不仅仅是使用for循环迭代加入相同的DataFrame?具体来说,这会导致大量减速,然后出现内存不足错误:

def join_dataframes(list_of_join_columns, left_df, right_df):
    return left_df.join(right_df, on=list_of_join_columns)

joined_df = functools.reduce(
    functools.partial(join_dataframes, list_of_join_columns), list_of_dataframes,
)

而这个不是:

joined_df = list_of_dataframes[0]
joined_df.cache()
for right_df in list_of_dataframes[1:]:
    joined_df = joined_df.join(right_df, on=list_of_join_columns)

任何想法都将不胜感激。谢谢!

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

只要您使用CPython(在这种特定情况下,不同的实现可以但实际上不应表现出明显不同的行为)。如果您查看reduce implementation,您会发现它只是一个具有最少异常处理的for循环。

核心与您使用的循环完全相同

for element in it:
    value = function(value, element)

并且没有证据支持对任何特殊行为的主张。

Spark联接(联接are among the most expensive operations in Spark)的实际局限性,另外具有帧数的简单测试

dfs = [
    spark.range(10000).selectExpr(
        "rand({}) AS id".format(i), "id AS value",  "{} AS loop ".format(i)
    )
    for i in range(200)
]

直接循环之间的时序没有明显差异

def f(dfs):
    df1 = dfs[0]
    for df2 in dfs[1:]:
        df1 = df1.join(df2, ["id"])
    return df1

%timeit -n3 f(dfs)                 
## 6.25 s ± 257 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 3 loops each)

reduce调用

from functools import reduce

def g(dfs):
    return reduce(lambda x, y: x.join(y, ["id"]), dfs) 

%timeit -n3 g(dfs)
### 6.47 s ± 455 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 3 loops each)

for循环之间类似的总体JVM行为模式是可比的

For loop CPU and Memory Usage - VisualVM

reduce

reduce CPU and Memory Usage - VisualVM

最后两者都生成相同的执行计划

g(dfs)._jdf.queryExecution().optimizedPlan().equals( 
    f(dfs)._jdf.queryExecution().optimizedPlan()
)
## True

这表示在评估计划和可能发生OOM时没有区别。

换句话说,您的相关性并不意味着因果关系,观察到的性能问题不太可能与您用来组合DataFrames的方法有关。

答案 1 :(得分:-1)

一个原因是减少或折叠通常在功能上是纯粹的:每次累积操作的结果不会写入内存的相同部分,而是写入新的内存块。

原则上,垃圾收集器可以在每次累积后释放前一个块,但如果没有,则为每个更新版本的累加器分配内存。