如何编写一个有效的循环来访问R中1000个h5文件中的数据集

时间:2017-07-06 16:54:23

标签: r hdf5

filename <- h5file("file.h5" , 'r')

filename

H5File 'file.h5' (mode 'r')
 + XYZ

filename["/XYZ/"]

内部有很少的团体&#34; XYZ&#34;然后是他们内部的数据集。 组名因文件而异。

格式:&#34; XYZ /.../../ abc / def /&#34;。这些是每个文件中的组,其中&#34; ...&#34;是不相同的组名,XYZ,abc,def在每个文件中是相同的。

我试过filename["/XYZ/* "],但这不起作用。是否有其他方法可以访问XYZ内的群组。

h5ls()似乎不起作用,因为我有1000个文件,每个文件中有100个数据集,当我在循环中用h5ls()循环它们时,它需要几小时才能得到结果。 我甚至尝试过h5file(),然后是list.datasets(),但是时间又是个问题。

我是否可以访问文件中的数据集而无需实际打开它们?

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