Question

我有dataset

Gene Sample  Ctmean

Chr1 0.0032 38.30534

Chr1  0.016 38.05460

Chr2 0.0032 34.96991

等等，其中样本名称“Sample”最初被定义为字符（一些是名称，一些是数字）。我已经过滤了只有数字的那些，所以我可以使用这些进行一次分析，命名的用于以后的单独分析，但是当尝试将它们分组到另一列进行此分析时，我遇到了错误消息

function_list [k]出错：（list）对象不能被强制输入'double'

使用后

group_by(forstandardcurve,Gene) %>% as.numeric(forstandardcurve$Sample)

相反，如果我使用

as.numeric(forstandardcurve$Sample) %>% group_by(forstandardcurve,Gene)

我得到了

UseMethod（“group_by_”）中的错误：没有适用于'group_by_'的方法适用于类的对象＆gt;“c（'double'，'numeric'）”

虽然“Gene”列仍应为“character”。每个命令看起来都像我预期的那样自行运行。我对R很新，很抱歉，如果这是我犯的一个基本错误 - 如何解决这个问题，以便我可以使用“Sample”中的数字来插入方程式，每个组中都有单独的方程式“Gene”栏目？

Answer 1

您尝试将示例中的class转换为独立命令，但在另一个R动词的上下文中转换class更有意义。例如，假设您要计算按Sample分组的Gene的平均值。

从您的数据开始，Sample是一个字符：

df <- data.frame( Gene = c("Chr1","Chr1","Chr2"),
              Sample = c("0.0032","0.016","0.0032"),
              Ctmean = c(38.3, 38.0, 34.9))

你可以这样做：

df %>%
   group_by(Gene) %>%
   summarise( Sample = mean( as.numeric(as.character(Sample)) ) )

请注意，在转换为factor之前，我必须先从character更改为numeric。这给出了：

1   Chr1 0.0096
2   Chr2 0.0032