Question

我有一个文件file.fas，包含像：

这样的DNA

>Chr1 CHROMOSOME "rest of header"
ATTCTGAGATCTGAGATCTGAGATCTGAGA

>Chr1 CHROMOSOME "rest of header"
TCTGAGATCTATTCTGAGATCTATTCTGAGATCT

理想情况下，我想替换＆＃34; 1＆＃34;使用＆＃34; Chr 1＆＃34;，以便它看起来像：

grep '>1' -f file.fas

我首先尝试使用sed，找到op grep，例如

{{1}}

然而，它不起作用。有没有人知道为什么不呢？

Answer 1

使用此命令

sed 's@>1@>Chr1@g' file.fas 


s - means substituion

@ - seperator

>1 - pattern to search for and replace

@ - seperator

>Chr1- pattern to substitue 

@ - sperator

g - substitute all occurences

涉及＆＃34;＆gt;＆＃34;的正则表达式

1 个答案: