Question

任何人都可以帮我修改我的脚本。因为它不起作用。这是三个脚本。 1）pb.sh，使用delphicpp_release软件读取1brs.ab.sh并将输出作为1brs.ab.out

2）1brs.ab.sh，用于输入参数，其中a.sh（蛋白质结构的另一个脚本），chramm.siz，charmm.crg是原子大小和电荷等的文件。其余的参数用于运行delphicpp_release软件。

3）a.sh，用于读取几个蛋白质结构，它们将位于同一目录中。

我的script_1 = pb.sh：

  ./delphicpp_release 1brs.ab.sh >1brs.ab.out   
   echo PB-Energy-AB = $(grep -oP '(?<=Energy> Corrected:).*' 1brs.ab.out) >>PB-energy.dat

   cat PB-energy.dat

script_2 = 1brs.ab.sh：

in(pdb,file="a.sh")
in(siz,file="charmm.siz")
in(crg,file="charmm.crg")
perfil=70 
scale=2.0
indi=4
exdi=80.0
prbrad=1.4
salt=0.15
bndcon=2
maxc=0.0001
linit=800
energy(s)

script_3 = a.sh：

for i in $(seq 90000 20 90040); do
   $i.pdb 
done

Answer 1

因为我们不知道Midquote是什么，比如

NA

更符合POSIX shell的版本

software

编辑：没有heredoc

for ((i=90000;i<=100000;i+=20)); do
    ./software << "    DATA_END" > 1brs.$i.a.out 
    scale=2.0 
    in(pdb,file="../$i.ab.pdb")
    in(siz,file="charmm.siz")
    in(crg,file="charmm.crg")
    indi=z
    exdi=x
    prbrad=y
    DATA_END
    echo Energy-A = $(grep -oP '(?<=Energy>:).*' 1brs.$i.a.out) >>PB-energy.dat
done

但问题发生了变化，我不确定理解。

bash for script和input参数

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