使用GEOquery从GEO检索数据表头

Question

对于GEO的一项研究，我想获得数据表标题描述，特别是研究中所有样本的“VALUE”列。

如果您go here然后向下滚动并单击其中一个示例：让我们选择“GSM2644971”。然后向下滚动，您应该看到“数据表标题描述”，下面你应该看到“VALUE Normalized（提供规范化方法）平均Beta”。这些信息就是我想要的。

我尝试使用 Biobase 包中的assayData()，但我不知道该方法是采用样本，样本矩阵还是其他东西作为参数。显然它需要一个S4，然后返回一些随机文本，但我不知道如何使用该随机文本。

修改

例如，如果我这样做：

library(Biobase)
library(GEOquery)

getgeo<-getGEO("GSE99511")
assayData(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz)

当我使用assayData()时，我希望它返回：

  

“标准化（提供标准化方法）平均Beta”。

相反，它返回：

  

<environment: 0x110674178>

如果问题没有意义，或者我还应该使用其他方法，请告诉我。

Answer 1

您可以使用exprs函数获取规范化的beta值，例如：

e <- exprs(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz)
head(e)