以下代码完全符合预期:
dnasequences = [
'GCTAGCTAGCTAGCTA',
'CTAGCTAGCTAGCTAG',
'TAGCTAGCTAGCTAGC',
'AGCTAGCTAGCTAGCT'
]
xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'}
def dna2rna(sequences):
rnalist = [xlate[n] for sequence in sequences for n in sequence]
return rnalist
rnasequences = dna2rna(dnasequences)
print([''.join(rnasequences[i:i+16]) for i in range(0, len(rnasequences), 16)])
它返回: [' CGAUCGAUCGAUCGAU' GAUCGAUCGAUCGAUC' AUCGAUCGAUCGAUCG'' UCGAUCGAUCGAUCGA']
我试图修改它,以便dnasequences()中的DNA序列可以是任何可变长度。
我很接近这个:
dnasequences = [
'GCTAGCTA',
'CTAGCTAGCTAGCTAG',
'TAGCTAGCTAGCTAGC',
'AGCTAGCTAGCTAGCT'
]
xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'}
def dna2rna(sequences):
rnalist = [xlate[n] for sequence in sequences for n in sequence]
seqlen = [len(sequence) for sequence in sequences]
return rnalist, seqlen
def printxlate(rnasq, lens):
index = 0
for i in range(0, len(rnasq), lens[index]):
print([''.join(rnasq[i:i+lens[index]])])
index += 1
rnasequences, seqlens = dna2rna(dnasequences)
printxlate(rnasequences, seqlens)
它正确打印前两个翻译序列,但从第三个开始是关闭的(虽然我确实有第二个问题:在第二个程序版本中我得到dnasequences()中每个序列的单独列表, 这是我不想要的。我想要一个包含四个元素的列表,如第一个版本。)
在第一次迭代中,i = 0。 在第二次迭代中,i = 8.到目前为止一直很好。
但是在第三次迭代中(在PyCharm调试器中)我看到i = 16。 我认为它应该是24.因为它不是第三和第四个翻译 是错误的,如果索引超出范围,就会出错。'错误。
如果第三次迭代是i = 24而第四次i = 40则会起作用。
我只是不明白为什么前两次迭代正确,然后开始在第三次迭代失败。
在第一个节目' i'步骤0,16,32和48就好了。
答案 0 :(得分:2)
您遇到麻烦的原因是您通过使用嵌套for列表理解来展平结果。如果您使用以下内容,则不必担心此问题:
[[... for _ in string] for string in sequence]
# ^^^^ put the inner for loop here instead of at the end
您的第二个解决方案的变体将是:
[''.join(xlate[l] for l in s) for s in dnasequences]
# ['CGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']
str.translate
应该是更好的选择:
table = str.maketrans(xlate)
[s.translate(table) for s in dnasequences]
# ['CGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']
答案 1 :(得分:0)
完全正常运行的第二版功能,包括一对多翻译。 精制:7-5-2017
public Form1()
{
InitializeComponent();
BackgroundWorker bw = new BackgroundWorker();
bw.WorkerSupportsCancellation = true;
bw.WorkerReportsProgress = true;
bw.DoWork += (s, ev) => calculate();
bw.RunWorkerCompleted += (s, ev) => show();
bw.RunWorkerAsync();
}
private void calculate()
{
// Do some heavy work
Thread.Sleep(5000);
}
private void show()
{
MessageBox.Show("aaaaaa");
PictureBox load = new PictureBox();
load.BackColor = Color.White;
load.Width = this.Width;
load.Height = this.Height;
load.Left = 0;
load.Top = 0;
load.Name = "load";
this.Controls.Add(load);
load.BringToFront();
MessageBox.Show("bbbbb");
}
输出:
from pprint import pprint
dnasequences = [
'GCTAGCTA',
'CTAGCTAGCTAGCTAG',
'TAGCTAGCTAGC',
'AGCTAGCTAGCTAGCTAGCT',
'GCTA',
'CTAGTAGCTGACTCAGTACGTACA'
]
xlate = {'G': 'abc', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'}
pprint([''.join(xlate[n] for n in sequence) for sequence in dnasequences])