starcluster / SGE启动EC2(节点/ RAM管理问题)

时间:2017-06-28 19:08:01

标签: amazon-web-services amazon-s3 amazon-ec2 bioinformatics starcluster

我使用starcluster启动了几个EC2实例,并在每个节点上运行相同的管道。

  1. 我使用qsub提交作业而不指定节点。为什么starcluster / SGE将作业分配给已占用的节点而不是空节点?
  2. 这些节点可以互相借用线程和RAM吗?
  3. 有人可以就这些问题分享一些想法吗?

1 个答案:

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我不熟悉starcluster,但我认为它与Maui调度程序有类似的节点分配策略:

http://docs.adaptivecomputing.com/maui/5.2nodeallocation.php

具体来说,请参阅MINRESOURCE政策:

http://docs.adaptivecomputing.com/maui/5.2nodeallocation.php#MINRESOURCE

  

5.2.2.5 MINRESOURCE

     

该算法根据配置的资源优先级节点   在每个节点上。那些配置资源最少的节点   仍然符合工作的资源限制被选中。

这是Maui的默认设置,至少在我完成的安装上,这使得它以您描述的方式提交作业。

我认为starcluster表现相似。