Question

我有一个频率交叉表，并希望rep()使用apply()函数为我可以使用的每个样本（A01，A02等）创建一长列数据对于均值和stdev统计。列A01，A02等中的数字是CAG的频率计数，例如， 6485计数13 CAG。

我已设法编写函数以提供正确的结果，但格式似乎不是可索引的，例如使用sumstats$A01可获得NULL。理想情况下，我也喜欢在输出表中反转的行和列，因此列是mean，sd等。

data <- data.frame(CAG = c(13, 14, 15), A01 = c(6485,35,132), A02 = c(0,42,56))
sumstats <- sapply(data[, 2:ncol(data)], function(x) {
data_e <- rep(data$CAG, x)

list(
  mean = mean(data_e),
  median = median(data_e),
  sd   = sd(data_e)
)
 })

#Output:
#sumstats$A01
#NULL

Answer 1

$子集对于data.frame类是唯一的。如果你检查class(sumstats)，你会发现它只是一个简单的矩阵。

只需运行sumstats <- as.data.frame(sumstats)然后即可使用

sumstats$A01
#$mean
#[1] 13.04495
#
#$median
#[1] 13
#
#$sd
#[1] 0.2874512

这是你想要的吗？

修改

sumstats2 <- as.data.frame(t(sumstats)) res <- data.frame(samples, sumheight, sumstats2) res # samples sumheight mean median sd #A01 A01 6652 13.04495 13 0.2874512 #A02 A02 98 14.57143 15 0.497416

Answer 2

data <- data.frame(CAG = c(13, 14, 15), A01 = c(6485,35,132), A02 = c(0,42,56))

samples <- c('A01', 'A02')
sumheight <- colSums(data[ , 2:ncol(data)], na.rm=TRUE)

sumstats <- sapply(data[, 2:ncol(data)], function(x) {
  data_e <- rep(data$CAG, x)

  list(
    mean = mean(data_e),
    median = median(data_e),
    sd   = sd(data_e)
  )
})


sumstats2 <- as.data.frame(t(sumstats))
res <- data.frame(samples, sumheight, sumstats2$mean)

使用apply（）创建输出矩阵或数据框

2 个答案: