Question

我想列出所有.pdb文件和.ent文件并执行脚本并打印序列，但似乎程序运行不正常并且没有向我显示任何结果。代码是

    import os
    path="c:/pdb"
    dirs=os.listdir(path)
    for file in dirs:
        list1=[]
        for lines in file:
            list=lines.split()
            id=list[0]
            if id=='ATOM' or id=='HETATM':
                if list[4]=='A':
                    if list[2]=='C4':
                        list1.append(list[3])
         print("The sequence is:" ,list1)

Answer 1

在Windows上工作，您可以尝试使用转义反斜杠指定路径。

import os
path = "c:\\pdb"
for file in os.listdir(path):
    list1 = []
    for lines in open(file):
        list = lines.split()
        idl = list[0]
        if (idl == 'ATOM' or idl == 'HETATM') and list[4]=='A' and list[2]=='C4':
            list1.append(list[3])

    print("The sequence is:", list1)

此外，if已被折叠，但他们做同样的事情。过深的压痕会妨碍可读性。

Answer 2

os.listdir返回一个字符串列表[1]，这样你就无法对＃34;中的行进行操作＆＃34;在他们身上（这样做，你只是遍历文件名字符串，而不是文件内容）。您可以使用os.walk（）[2]，例如：

import os
path = 'c:/pdb'
for dirpath, dirnames, fnames in os.walk(path):
    for fname in fnames:
        if fname.endswith('txt'):
            with open(os.path.join(dirpath, fname)) as fp:
                for line in fp:
                    <program logic here>

另外请记住不要使用＆＃34; list＆＃34;等保留字。或＆＃34; id＆＃34; - 检查一下docs.python.org/3.3/reference/lexical_analysis.html#keywords

[1] https://docs.python.org/3/library/os.html#os.listdir

[2] https://docs.python.org/3/library/os.html#os.walk

打开文件列表并执行脚本

2 个答案: