Question

我有2个基质，一个是物种x性状，第二个是地点x物种（存在/不存在）。我需要第三个矩阵站点x特征，在每个列中，我将有多个值（一个站点的所有物种的所有值）。我怎样才能做到这一点？通过另一个矩阵提取一个矩阵的信息？我只是R的初学者......

我转换了x种类和cbind 2个矩阵，但结果是一个矩阵中的所有列...

trait <- read.table("trait_matrix_final.txt", head=T, sep="\t", dec=',', row.names=1)
com   <- read.table("community_matrix2.txt",  head=T, sep="\t", dec=',', row.names=1)
comt  <- t(com)
new   <- cbind(trait, comt)

我试图将两个矩阵相乘，但这是不可能的，因为我有连续的分类数据。

编辑：

补充评论：我有连续的（例如体型）和分类变量（每日活动的值为：夜间，昼夜或两者）。因此，如果我在站点1中有3种物种，我想获得这些3种物种的平均体型。对于分类变量，如果3种物种具有这些值：物种1 =夜间物种，物种2 =夜间物种和物种3 =昼夜，列将是这样的：夜间+昼夜或夜间。昼夜。我的第三个矩阵将具有与第一个矩阵（物种x性状）相同的列数，但特征站点的所有物种的特征均为平均值。

Answer 1

提供reproducible example非常有用，因此SO社区可以帮助您解决问题。

编辑后：

只有当该矩阵的所有条目属于同一类（例如，所有listOfTraits <- c('mass', 'head', 'cbl') resultList <- lapply(listOfTraits, FUN = function(trait) { if (var.test(male[[trait]],female[[trait]])$p.value < 0.05) { t.test(male[[trait]],female[[trait]], var = F) } else{ t.test(male[[trait]],female[[trait]], var = T) } })或全部listOfTraits <- c('mass', 'head', 'cbl') resultList <- lapply(listOfTraits, FUN = function(trait) { if (var.test(male[[trait]],female[[trait]])$p.value < 0.05) { x <- t.test(male[[trait]],female[[trait]], var = T) names(x$estimate) <- c(paste0('male_',trait),paste0('female_',trait)) x$data.name <- paste0('male_',trait, " and ",paste0('female_',trait)) } else{ x <- t.test(male[[trait]],female[[trait]], var = T) names(x$estimate) <- c(paste0('male_',trait),paste0('female_',trait)) x$data.name <- paste0('male_',trait, " and ",paste0('female_',trait)) } x })）时，才应将数据存储在类matrix的对象中。由于您的第一个矩阵同时具有数字和字符值，因此最好将其格式化为numeric。有关详细信息，请参阅this post。

假设每个物种 5个特征，每个站点 20种， 10个站点，我会生成一些数据：

character

跟随data.frame循环将为每个站点平均物种间的特征：

n.traits <- 5
n.species <- 20
n.sites <- 10

traits.names <- paste ("trait", 1:n.traits, sep = "_")
species.names <- paste ("spec", 1:n.species, sep = "_")
sites.names <- paste ("site", 1:n.sites, sep = "_")


# species*traits matrix
set.seed (4)
mat1 <- as.data.frame (matrix (replicate (n = n.traits, rnorm (n = n.species)), nrow = n.species, ncol = n.traits, dimnames = list (species.names, traits.names)))
mat1
set.seed (89)
mat1[, 2] <- sample (x = c ("diurnal", "nocturnal"), size = nrow (mat1), replace = T)
mat1

# site*species matrix
set.seed (6)
mat2 <- matrix (replicate (n = n.species, rbinom (n = n.sites, size = 1, prob = 0.8)), nrow = n.sites, ncol = n.species, dimnames = list (sites.names, species.names))
mat2

请注意，第三个矩阵与第一个矩阵具有相同的列数（例如for），但它没有相同的行数（例如# sites*traits matrix mat3 <- as.data.frame (matrix (NA, nrow = n.sites, ncol = n.traits, dimnames = list (sites.names, traits.names))) for (i in 1:n.sites){ spec_per_site_boolean <- mat2[i, ] == 1 mat1_subset <- mat1[spec_per_site_boolean, ] for (j in 1:n.traits){ if (is.numeric (mat1_subset[,j])) mat3[i,j] <- mean (mat1_subset[,j]) else mat3[i,j] <- paste (sort (unique(mat1_subset[,j])), collapse = ".") } } mat3）。< / p>

通过另一个矩阵从一个矩阵中提取信息

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