Question

我正在尝试重新安装以前能够安装和使用的软件包。我的计算机意外重启后，我正在构建自己的软件包，然后我开始在加载rpgraph软件包时遇到问题。所以我决定卸载它并重新安装它。当我这样做时，我收到以下错误：

library(devtools)

library(rJava)
install_github("Albluca/rpgraph")


Downloading GitHub repo Albluca/rpgraph@master
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master
Installing rpgraph
Running command /usr/lib/R/bin/R
Arguments:
CMD
INSTALL
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
--install-tests

installing source package ‘rpgraph’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Segmentation fault (core dumped)
ERROR: loading failed
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,         stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =     real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,     stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,     spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :     System command error`

我尝试从零开始重新安装JAva和cran，但不知何故，我的系统中仍然存在一些东西，避免了要安装的软件包。此外，由于错误信息不是很丰富，我不知道如何缩小问题的范围。

感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

我在安装库vanneuler和wordnet时遇到了同样的问题，并使用Kenneth提出的解决方案解决了这个问题。在我的情况下，选项-Xss2560k足以解决：

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

另外：不是从终端运行export命令，而是可以使用以下命令直接从R会话设置java选项：

options(java.parameters = "-Xss2560k")

Answer 2

这似乎是最近内核版本中的一个错误，其他涉及Java的R库以及其他软件也会出现同样的问题。

请参阅https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html和https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919。

这种解决方法对我有用：

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"

rjava依赖包安装分段错误（核心转储）

2 个答案: