Question

ImportOption

我有兴趣从NLME拟合的摘要输出中提取信息。

我想提取

随机效应的StdDev（即Asym的StdDev，= 3.65）对于这个，我试过library(nlme) fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly, fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1, start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3)) > summary(fm1) Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood Model: height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc) Data: Loblolly AIC BIC logLik 239.4856 251.6397 -114.7428 Random effects: Formula: Asym ~ 1 | Seed Asym Residual StdDev: 3.650642 0.7188625 Fixed effects: Asym + R0 + lrc ~ 1 Value Std.Error DF t-value p-value Asym 101.44960 2.4616951 68 41.21128 0 R0 -8.62733 0.3179505 68 -27.13420 0 lrc -3.23375 0.0342702 68 -94.36052 0 Correlation: Asym R0 R0 0.704 lrc -0.908 -0.827 Standardized Within-Group Residuals: Min Q1 Med Q3 Max -2.23601930 -0.62380854 0.05917466 0.65727206 1.95794425 Number of Observations: 84 Number of Groups: 14但没有运气。
固定效应的参数估计（即Asym = 101.44960，R0 = -8.62733等），可以通过fm1$apVar提取
固定效应的Std.Error（即2.46,0.317,0.034）。对于这个我已尝试fixef(fm1)，但这些值与固定效果下的Std.Error列下的值完全匹配？
logLikelihood（即-114.7428，可使用sqrt(diag(fm1$varFix))提取）
残差（即0.7188625，可以使用fm1$logLik提取）

我的最终目标是适合多个模型，并将各自的摘要估算值存储到有条理的fm1$Residuals中。

data.frame

假设我的列表对象看起来像fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly, fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1, start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3)) fm2 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly, fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1, start = c(Asym = 103, R0 = -5.4, lrc = -3.3)) summary(fm1) summary(fm2) mylist = list(NULL, summary(fm1), NULL, summary(fm2), NULL, NULL)。现在我想创建一个看似如下的mylist：

data.frame

要创建此data.frame（行数对应于model FixedAsym FixedAsymStdError FixedR0 ... Residual 1 101.44960 2.4616951 -8.62733 0.7188625 2 101.44934 2.4616788 -8.62736 ... 0.7188625中我有多少个模型摘要），我需要系统地从模型摘要输出中提取这些值（编号为1-5）。

Answer 1

这里还有一些......

as.numeric(VarCorr(fm1)[,2])
# [1] 3.6506418 0.7188625

summary(fm1)$tTable[,2]
#       Asym         R0        lrc 
# 2.46169512 0.31795045 0.03427017 

# looks like you don't need this one anymore, but here's a way of getting it
summary(fm1)$corFixed
#            Asym         R0        lrc
# Asym  1.0000000  0.7039498 -0.9077793
# R0    0.7039498  1.0000000 -0.8271022
# lrc  -0.9077793 -0.8271022  1.0000000

道歉，这不是完整的答案 - 可能很难创建像您一样描述的汇总表，因为每个潜在行的结构将不同，并且将取决于哪些变量是包括作为固定和随机效应。

R：如何从摘要模型拟合中提取信息

1 个答案: