Question

我正在尝试将Simpson的多样性指数应用于许多不同的数据集，其中捕获了可变数量的物种（'nuse'）。因此，我正在尝试构建能够自动处理此问题的代码，而无需在每次执行时手动构建公式。手动公式的示例数据集如下：

diverse <- data.frame(nuse1=c(0,20,40,20), nuse2=c(5,5,3,20), nuse3=c(0,2,8,20), nuse4=c(5,8,2,20), total=c(10,35,53,80))

simp <- function(x) { 
    total <- x[,"total"]
    nuse1 <- x[,"nuse1"]
    nuse2 <- x[,"nuse2"]
    nuse3 <- x[,"nuse3"]
    nuse4 <- x[,"nuse4"]

    div <- round(((1-(((nuse1*(nuse1 - 1)) + (nuse2*(nuse2 - 1)) + (nuse3*(nuse3 - 1)) + (nuse4*(nuse4 - 1)))/(total*(total - 1))))),digits=4)
        return(div)
        }

diverse$Simpson <- simp(diverse)
diverse

你可以看到这很好用。但是，我怎么能够创建一个可以自动调整到9种物种的功能（所以直到nuse9）？

我已经尝试了粘贴功能+ as.formula，如Formula with dynamic number of variables所示;然而，这是我努力奋斗的（nuse1 *（nuse1 - 1））的扩展形式。有人有什么建议吗？感谢。

Answer 1

如下：

diverse <- data.frame(nuse1=c(0,20,40,20), nuse2=c(5,5,3,20), nuse3=c(0,2,8,20), nuse4=c(5,8,2,20), total=c(10,35,53,80))

simp <- function(x, species) { 
  spcs <- grep(species, colnames(x)) # which column names have "nuse"
  total <- rowSums(x[,spcs]) # sum by row
  div <- round(1 - rowSums(apply(x[,spcs], 2, function(s) s*(s-1))) / (total*(total - 1)), digits = 4)
  return(div)
}

diverse$Simpson2 <- simp(diverse, species = "nuse")
diverse

# nuse1 nuse2 nuse3 nuse4 total Simpson2
# 1     0     5     0     5    10   0.5556
# 2    20     5     2     8    35   0.6151
# 3    40     3     8     2    53   0.4107
# 4    20    20    20    20    80   0.7595

它所做的就是找出哪些列以“nuse”或您在数据集中拥有的任何其他物种开头。它构造函数中的“总”值，并且不需要数据集中的总列。

可变长度公式构造

1 个答案: