我有一个非常大的网络,有50,000个节点。它很稀疏。我想用R.找到社区。我该怎么办?谢谢!
(我尝试使用igraph,但它不起作用,因为邻接矩阵太大。)
数据集如下所示:
1 0 0 1 0 0 0 1
0 1 0 1 0 1 1 0
...
这是50,000 x 80。
我找到了每一行之间的相关性,创建了一个如下所示的相关矩阵:
0.14 0.26 0.36
0.24 0.79 0.36
...
这是50,000 x 50,000。
然后我把它放入igraph:
output2<-matrix(ifelse(runif(50000*80)<0.2,1,0),50000,80) # random binary sparse matrix
x2 <- graph.adjacency(cor(t(output2)), weighted=TRUE, diag=FALSE)
x2 = delete.vertices(x2,which(degree(x)<1))
x2 = as.undirected(x2)
b2 <- walktrap.community(x2)
k3<-groups(b2)
但是,igraph
表示它无法创建邻接图,因为它太大了。