dgTMatrix导出到csv

时间:2017-06-14 20:42:48

标签: r csv

我正在研究生物信息数据,以及到目前为止我在大型dgTMatrix中生成的对象,我试图将其导出到csv文件中,无论大小如何,我都可以打开并检查。

我正在使用R,当我写一行> write.csv(A.data, "Adata.csv")时,我收到以下错误:Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) : cannot coerce class "structure("dgTMatrix", package = "Matrix")" to a data.frame

根据我的理解,dgTMatrix可能无法直接转换为经典表格,但我无法找到最后需要采取的额外步骤才能最终拥有我的csv文件。

非常感谢任何帮助和指示!

1 个答案:

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如果A.data是稀疏矩阵,即class()返回的对象

class(A.data)
#[1] "dgTMatrix"
#attr(,"package")
#[1] "Matrix"

然后您需要将其强制为类"matrix"或类"data.frame",然后再用write.csv2写入磁盘。

A.data<-as.matrix(A.data)
write.csv2(A.data, "Adata.csv")