在Plink合并染色体

Question

我已经以vcf格式下载了1000G数据集。使用Plink 2.0我已将它们转换为二进制格式。 现在我需要合并1-22条染色体。 我正在使用这个脚本：

${BIN}plink2 \
--bfile /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/chr1_1000Gv3 \
--make-bed \
--merge-list /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/chromosomes_1000Gv3.txt \
--out /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/all_chrs_1000G_v3 \
--noweb

但是，我收到此错误

  

错误：--merge-list只接受1个参数。

染色体_1000Gv3.txt具有以这种格式与染色体2-22相关的文件：

chr2_1000Gv3.bed chr2_1000Gv3.bim chr2_1000Gv3.fam

chr3_1000Gv3.bed chr3_1000Gv3.bim chr3_1000Gv3.fam

...

任何建议可能是什么问题？

由于

Answer 1

--merge-list不能与--bfile结合使用。您可以在一个plink命令中使用--bfile / - bmerge或--merge-list。