Question

我正在尝试打开GML格式文件，但无法正常工作。基本上，我使用一个名为ChemTraYzer的代码来生成一些与GML相关的文件，即.gml文件和带有一些必需图片的文件夹。这是.gml文件：

graph [
    hierarchic 1
    label ""
    directed 1
    node [
            id "C"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_0.png"
            ]
    ]
    node [
            id "[CH3]"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_2.png"
            ]
    ]
    node [
            id "O"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_1.png"
            ]
    ]
    node [
            id "[OH]"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_5.png"
            ]
    ]
    edge [
            source "C"
            target "[CH3]"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "C"
            target "O"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "[OH]"
            target "[CH3]"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "[OH]"
            target "O"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]

一个名为reac.pic的文件夹，其中包含与此gml文件相关的一些图像。

预计会导出如下图片：

我知道像Networkx这样的Python软件包或像Gephi这样的Java程序可能会根据需要打开GML文件。但是，我尝试过很多次却无法成功。如果有人能帮助我，我会非常感激。非常感谢！

Answer 1

您发布的图表没有布局。您需要的是将其转换为您发布的数字的其他软件。正如最初的ChemTraYzer出版物（doi：10.1021 / acs.jctc.5b00201）所述，yEd软件做得非常好（https://www.yworks.com/products/yed）。我已经尝试使用一些python库来进行布局，但是很难自动获得漂亮的图形布局。因此，我使用yEd的自动布局算法（在本例中为分层）并手动重新排列节点和边缘。

Answer 2

您的图表似乎是分层的，Gephi已经撤销对层次图的支持，请参阅here。除此之外，我怀疑Gephi GML导入器是否能够读取链接的图像。使用plugin有一种解决方法，但仅适用于Gephi 0.8.2

打开GML（图形建模语言）格式文件的问题

2 个答案: