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时间:2017-06-12 08:36:04

标签: r roc nlme model-comparison

我正在处理月经周期数据,我想调查是否携带感染预测月经前症状的发生。另外,我没有先验的理由认为月经前期持续3,4或5天(或更少或更多)。因此,我想比较模型与变量的不同版本" 阶段"研究一个想要预测月经前症状作为感染线索的​​月经前期最长相关长度。

但是,对于我所拥有的数据和问题,我必须使用不计算AIC的glmmPQL,因此我不能使用MuMin和其他类似的包(我也不能获得qAIC)。目前我已经使用ROC包和性能函数来比较模型,但我不确定它是一种合理的方法。下面我详细介绍了我的数据集和模型。我花了很多时间在网上试图找到一种方法来比较glmmPQL模型与二项式响应和时间自相关结构,但在我的情况下都没有用(例如比较gls模型,因为我的响应是二项式,比较lmer模型因为我的数据是自相关的)。非常感谢任何帮助,谢谢!

数据集:每一行描述一天,女性内重复几天。在此示例中,数据仅通知1个月经周期。响应变量是二进制(0,1),固定变量和#34; inf" (感染:是/否)和"阶段" (阶段:月经前/其他)。因为数据在时间上是自相关的(每天的症状与前一天在女性中发生的症状相关),我使用glmmPQL来包括时间自相关结构和随机效应ID。这给出了下面的模型(长度:周期长度;周期:周期中的一天)

# model # 
library(MASS)
library(nlme)
modc.PQL<-glmmPQL(cramps~inf*phase+log(age)+log(clength), random=~1|id,  correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)

# inspecting model fit #
require(ROCR)
pr <- predict(modc.PQL)
pred <- prediction(as.vector(pr), data2$cramps)
auc.perf = performance(pred, measure = "auc")
auc.perf@y.values

现在我想将模型与不同版本的变量Phase进行比较(第4期 - >月经前4天;第5期 - >月经前5天等......)

# candidate set #
modc.PQL4<-glmmPQL(cramps~inf*phase4+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)      
modc.PQL5<-glmmPQL(cramps~inf*phase5+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)    
modc.PQL6<-glmmPQL(cramps~inf*phase6+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)  
modc.PQL7<-glmmPQL(cramps~inf*phase7+log(age)+log(clength), random=~1|id, correlation=corCAR1(form=~dcycle|id), family=binomial, data=data2)

# inspecting model fit model by model #
require(ROCR)
pr <- predict(modc.PQL3)
pred <- prediction(as.vector(pr), data2$cramps)
auc.perf = performance(pred, measure = "auc")
auc.perf@y.values

pr <- predict(modc.PQL4)
pred <- prediction(as.vector(pr), data2$cramps)
auc.perf = performance(pred, measure = "auc")
auc.perf@y.values

等...

这感觉不对,因为我没有设定标准来决定两个模型的准确性何时不同(如使用AIC时的2点规则)。因此,即使一个模型具有更好的准确度值,所有模型也可能大致相同。

最后,如果有人知道如何在glmmPQL上运行半标准图,请告诉我!

非常感谢

亚历

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