Question

我正在编写一个用于调用AMOS包程序的python包装器（专门用于使用来自AMOS的良好ol＆＃39; minimus2来合并来自不同来源的基因组组件）。

直接使用shell时，应该像这样调用脚本：

toAmos -s myinput.fasta -o testoutput.afg
minimus2 testoutput -D REFCOUNT=400 -D OVERLAP=500

[仅用于澄清：

-toAmos：将我的input.fasta文件转换为.afg格式，并需要输入序列参数（＆＃34; -s＆＃34;）和输出参数（＆＃34; -o＆＃34; ）

-minimus2：将序列数据集与参考contigs合并，并需要一个参数＆＃34; -D REFCOUNT = x＆＃34;用于说明输入中的重新参考序列的数量和参数＆＃34; -D OVERLAP = Y＆＃34;用于说明序列之间的最小重叠]

因此，在我的脚本中，我使用subprocess.call（）来调用必要的AMOS工具。

基本上我这样做：

from subprocess import call:
output_basename = "testoutput"
inputfile = "myinput.fasta"

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])
call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

但在这种情况下，AMOS工具不再能解释参数。参数似乎被subprocess.call（）修改并且传递不正确。我得到的错误信息是：

Unknown option: s myinput.fasta
Unknown option: o testoutput.afg
You must specify an output AMOS AFG file with option -o
/home/jov14/tools/miniconda2/bin/runAmos: unrecognized option '-D REFCOUNT=400'
Command line parsing failed, use -h option for usage info

似乎没有领先的＆＃34; - ＆＃34;？所以我尝试将命令作为单个字符串（包括参数）传递，如下所示：

call(["toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg"])

但后来我收到了这个错误...

OSError: [Errno 2] No such file or directory

...大概是因为subprocess.call将整个字符串解释为单个脚本的名称。我想我可能会尝试shell=True作为一种解决方法，但互联网上有完整的说明，明确建议不要这样做。

这里似乎有什么问题？我该怎么办？

Answer 1

答案

要么：

call("toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg") # single string

或做：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"]) # list of arguments

讨论

如果您：

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])

你应该提供：

"-s" + inputfile（-s之后没有空格），"-o" + output_basename + ".afg"
或"-s", inputfile（单独的参数），"-o", output_basename + ".afg"

如果您：

call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

"-D REFCOUNT=400"和"-D OVERLAP=500"应分别作为两个项目提供（'-D', 'REFCOUNT=400', '-D', 'OVERLAP=500'），或删除空格（'-DREFCOUNT=400', '-DOVERLAP=500'）。

其他信息

您似乎缺乏shell如何拆分命令行的知识;我建议你总是使用单字符串方法，除非文件名中有空格或者你必须使用shell=False选项;在这种情况下，我建议你总是提供一个参数列表。

Answer 2

- (NSString *)stringToFormat:(NSString *)str { while (str.length <12) { str = [NSString stringWithFormat:@"%@0", str]; } return str; }以下输入文件名应该是-s的单独参数，因为它们位于命令行中：

call

python subprocess.call（）在将参数传递给shell脚本之前修改参数？

2 个答案:

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