Question

我一直致力于通过简单的服务器脚本和套接字连接与Python接口的R包。我可以在我自己的机器上进行测试，但我也想在Travis版本上进行测试（我不想完成设置Linux VM的工作）。要做到这一点，我需要一个Python安装，我可以在我的R包测试中传递路径，以及要使用的端口号。

我已经看过this answer建议安装多个Python版本是可能的，但我不确定如何处理

指定Python可执行文件的路径
选择测试的端口号。还应该注意我用于Python服务器的Python脚本＆＃39;使用＆＃39; localhost＆＃39;。

是否有可能在特拉维斯做我想做的事情？应该我想用Travis做这件事吗？

编辑这是我的Travis配置：

language: r
r:
  - release
  - devel
cache: packages
sudo: false

matrix:
  include:
    - python:2.7
    - python:3.6

# Be strict when checking our package
warnings_are_errors: true

# System dependencies for HTTP calling
r_binary_packages:
 - jsonlite
 - R6

这是我的R包中的例子：

pypath = Sys.which('python') 
if(nchar(pypath) > 0) {
  py = PythonEnv$new(port = 6011, path = pypath)
  py$start
  py$running
  py$set(a = 5)
  py$get('a')
  py$stop
} else {
  message("No Python environment available")
}

我的示例肯定会找到一个 Python路径，但失败并显示错误

socketConnection中的警告（port = self $ port，open =＆＃34; r +＆＃34;，blocking =   TRUE，：localhost：6011无法打开

socketConnection错误（port = self $ port，open =＆＃34; r +＆＃34 ;, blocking = TRUE，：
  无法打开连接

我用另一个端口测试了这个并发生了同样的错误。

编辑2

我还尝试过主机127.0.0.1和0.0.0.0，但没有骰子。根据Travis的文档，这应该有用......也许是R容器的一个问题？

Answer 1

这是我用于我的吡咯包装的travis.yml。它只是安装R usinq ubuntu软件包管理器：

language: python
python:
  - "3.6"
install:
  - pip install cython pytest hypothesis
  - sudo apt-get install -y r-base
  - echo 'source("https://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("S4Vectors"); biocLite("GenomicRanges")' > install.R
  - python setup.py install

script:
  - py.test tests/

另一种方法是通过conda安装R。这是pyranges包中的示例：

# Stolen from http://conda.pydata.org/docs/travis.html
language: python
python:
  # We don't actually use the Travis Python, but this keeps it organized.
  - "3.6"
install:
  - sudo apt-get update
  # We do this conditionally because it saves us some downloading if the
  # version is the same.
  - wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh;
  - bash miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda
  - export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH"
  - hash -r
  - conda config --set always_yes yes --set changeps1 no
  - conda update -q conda
  - conda config --add channels bioconda
  - conda config --add channels r
  # Useful for debugging any issues with conda
  - conda info -a
  - conda create -q -n test-environment python=$TRAVIS_PYTHON_VERSION numpy scipy pandas pytest pytest-cov cython tabulate hypothesis bedtools # ray
  - source activate test-environment
  - python setup.py install # will install ncls
  - python --version
  - python -c 'import pandas as pd; print(pd.__version__)'
  - ls tests

script: py.test -v tests # verbose to see that tests run and so that travis does not time out on hypothesis tests

Answer 2

您的问题标题和问题正文完全不同。

关于python + R问题

类似于The Unfun Cat's answer，它使用travis安装python并使用apt安装R，您可以将travis用于R并使用apt安装python：

language: r
install:
  - sudo apt-get install -y python2.7 python3.6

请注意，travis也has an apt addon可以使您的.yaml更加整洁（但可移植性可能会降低）。

language: r
addons:
  apt:
    packages:
    - python2.7
    - python3.6

Sys.which应该以{{1}}和python2.7的身份访问python3.6，而不仅仅是“ python”。 which python将返回上次安装的版本或上一次安装的python2*。

关于网络问题

有许多原因可能导致您无法建立连接。一个常见的原因是该端口已被使用。有时X窗口系统（ref）使用端口6011，因此travis的服务之一可能正在使用它。

使用this reference on how to check for used ports，您可以尝试添加类似内容

sudo lsof -i -P -n | grep LISTEN | grep 6011

到您的travis.yaml，这样您就可以在日志中查看是否使用了端口。您也可以在脚本中尝试使用其他未使用的端口号。

我确实发现this github comment特别引用了R的类似问题；也许您可以在那找到更多。

为Travis构建安装Python和R？

2 个答案:

关于python + R问题

关于网络问题