在gromacs中进行md模拟后，我的轨迹为0.5 ps。我想计算一个水分子（OW）的氧与其他水分子的氢（HW1，HW2）之间的距离，即28SOL和HW1的OW之间的距离，30SOL的HW2，28SOL和HW1的OW之间的距离， 31SOL的HW2和t = 0.00的所有组合，t = 0.500 ....
Generated by trjconv : Protein t= 0.00000
28SOL OW 115 0.439 0.940 1.110
28SOL HW1 116 0.462 1.020 1.055
28SOL HW2 117 0.414 0.864 1.050
29SOL OW 118 1.626 1.796 1.779
29SOL HW1 119 1.550 1.763 1.834
29SOL HW2 120 1.594 1.871 1.720
30SOL OW 121 1.022 0.116 0.460
30SOL HW1 122 0.955 0.125 0.533
30SOL HW2 123 1.002 0.182 0.388
31SOL OW 124 1.063 0.349 1.874
31SOL HW1 125 1.028 0.428 1.824
31SOL HW2 126 1.129 0.300 1.816
32SOL OW 127 1.726 0.716 1.886
32SOL HW1 128 1.737 0.680 1.793
32SOL HW2 129 1.799 0.782 1.905
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Generated by trjconv : Protein t= 0.50000
28SOL OW 115 0.494 1.029 1.115
28SOL HW1 116 0.529 1.116 1.080
28SOL HW2 117 0.465 0.971 1.039
29SOL OW 118 1.566 1.834 1.772
29SOL HW1 119 1.556 1.767 1.846
29SOL HW2 120 1.476 1.864 1.742
30SOL OW 121 0.913 0.070 0.385
30SOL HW1 122 0.876 0.086 0.477
30SOL HW2 123 0.880 0.142 0.323
31SOL OW 124 1.089 0.344 1.872
31SOL HW1 125 1.028 0.403 1.820
31SOL HW2 126 1.154 0.300 1.809
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如何编写python代码来计算此距离......
答案 0 :(得分：0)
这就是gmx距离的作用，正确选择索引组。