Question

所以我试着写一个程序，根据它的位置给我一个特定基础的频率。例如： ACTGCTGATCGTAGC GTAGCTAGCTAGCTA 对于这些，在seq [0]中，A = 1，因为在第一列中，A只出现一次。如果你愿意的话，这是＆＃34; sketch＆＃34;或未完成的程序。

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正如您所看到的，由于特定问题，我显然没有完成它。我想附加到空集，但我一直得到错误＆＃34; ValueError：除了连接轴之外的所有输入数组维度必须完全匹配＆＃34;当我把它的一部分放在一个壳里。所以我想知道如何将4 * 1矩阵附加到空集。我的想法是，每次我这样做，我都会将基数设置回0并继续追加相应的列。感谢。

Answer 1

如果你的序列大小相同：例如：

['atatatg', 
 'atgcatg',
 'acggtaa', 
 'tagcgta']

你可以这样做：

LoS=['atatatg', 'atgcatg','acggtaa', 'tagcgta']
a=[]
t=[]
g=[]
c=[]
for j in range(len(LoS[0])):
    a.append([i[j] for i in LoS].count('a'))
    t.append([i[j] for i in LoS].count('t'))
    g.append([i[j] for i in LoS].count('g'))
    c.append([i[j] for i in LoS].count('c'))

print "a", a
print "t", t
print "g", g
print "c", c

会给你：

a [3, 1, 1, 0, 2, 1, 2]
t [1, 2, 0, 1, 1, 3, 0]
g [0, 0, 3, 1, 1, 0, 2]
c [0, 1, 0, 2, 0, 0, 0]

你在所有序列的第一个位置有3次'a'等等......

启动子基频矩阵python

1 个答案: