Question

我在bash中有一个像这样的文件名列表

UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz
UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz
UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz

我希望他们看起来像这样

UTSHoS10_R1.fq.gz
UTSHoS10_R2.fq.gz
UTSHoS11_R1.fq.gz 
UTSHoS11_R2.fq.gz
UTSHoS12_R1.fq.gz
UTSHoS12_R2.fq.gz

我没有perl rename命令和sed 's/_Other*160418./_/' *.gz 没有做任何事情。我在这里尝试了其他重命名脚本，但是没有任何事情发生，或者我的shell开始向控制台打印大量代码并冻结。

这篇文章（Removing Middle of Filename）是类似的，但是给出的答案并没有解释命令的哪些具体部分正在做，所以我无法将它应用于我的问题。

Answer 1

Parameter expansions in bash可以基于类似于glob的模式执行字符串替换，这允许比在每次循环迭代中调用额外的外部实用程序（如sed）更有效的解决方案：

for f in *.gz; do echo mv "$f" "${f/_Other_*-TTAGGA_R_160418./_}"; done

删除echo之前的mv以执行实际重命名。

Answer 2

使用你的sed命令，这可以作为bash one-liner：

for name in UTSH*fq.gz; do newname=$(echo $name | sed 's/_Other.*160418\./_/'); echo mv $name $newname; done

注意：

我调整了你的sed命令：它有一个*没有前面的.（sed采用正则表达式，而不是一个通配模式）。同样，点需要转义。
要查看它是否有效，而没有实际重命名文件，我已将echo命令保留在其中。轻松删除它以使其正常运行。
显然，它不一定是单行。但有时，这使得编辑和浏览命令行历史变得更容易。

Answer 3

您可以在包含要重命名的文件的目录中执行以下操作：

for file_name in *.gz
do 
  new_file_name=$(sed 's/_[^.]*\./_/g' <<< "$file_name");
  mv "$file_name" "$new_file_name";
done

模式（_[^.]*\.）从FIRST _开始匹配到FIRST .（包括两者）。 [^.]*表示0个或更多非点（或非句点）字符。

示例：

AMD$ ls
UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz  UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz
UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz  UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz

AMD$ for file_name in *.gz
> do new_file_name=$(sed 's/_[^.]*\./_/g' <<< "$file_name")
> mv "$file_name" "$new_file_name"
> done

AMD$ ls
UTSHoS10_R1.fq.gz  UTSHoS10_R2.fq.gz  UTSHoS11_R2.fq.gz  UTSHoS12_R1.fq.gz  UTSHoS12_R2.fq.gz

Answer 4

Pure Bash，使用子字符串操作并假设所有文件名具有相同的长度：

for file in UTS*.gz; do
  echo mv -i "$file" "${file:0:9}${file:38:8}"
done

输出：

mv -i UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz UTSHoS10_R1.fq.gz
mv -i UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS10_R2.fq.gz
mv -i UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS11_R2.fq.gz
mv -i UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS11_R2.fq.gz
mv -i UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz UTSHoS12_R1.fq.gz
mv -i UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS12_R2.fq.gz

验证后，从循环内的行中删除echo并再次运行。

删除文件名的中间位置

4 个答案: