为R设置默认URL以在Mac OS X中查找包

时间:2010-12-13 01:29:08

标签: r packages

Mac64 R>  install.packages("quantmod")

产生令人沮丧的消息。即,

Warning: unable to access index for repository http://www.ibiblio.org/pub/languages     /R/CRAN/bin/macosx/leopard/contrib/2.12
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
package ‘quantmod’ is not available

没什么大不了的,只要传递一个不同的回购,就像这样:

Mac64 R> install.packages("quantmod", repo="http://R.research.att.com")

一切都很好。但是如何设置默认仓库以便每次都不需要传递它?在Ubuntu中,有一个文件管理它,但Mac OS X的文档有点稀疏。

3 个答案:

答案 0 :(得分:1)

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Managing-libraries

尝试按照类UNIX系统的建议创建文件夹和文件;在寻找回购设置时,R也会在OS X上检查它们。

答案 1 :(得分:1)

无法判断您是否正在使用R64.app GUI,但猜测您可能不是。如果您使用的是R64.app,则可以在r / Preferences /面板中设置默认存储库。就个人而言,我在托管StatLib的同一设施中使用存储库,该设施显示在某些对话框上,例如美国(PA 1),但在我的“首选项”窗格中是http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN。以下是一些可能感兴趣的选项:

repos:
URLs of the repositories for use by update.packages. Defaults to 
c(CRAN="@CRAN@"), a value that causes some utilities to prompt for 
a CRAN mirror. To avoid this do set the CRAN mirror, by something 
like local({r <- getOption("repos"); r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"; 
options(repos=r)}).
Note that you can add more repositories (Bioconductor and Omegahat, notably)
 using setRepositories().

目前我在R64.app中的“其他存储库”设置为http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/macosx/leopard/contrib/2.12/,因为我正在做一些事情来获取仅在Ripley网站上的软件包,但它通常设置为R - Forge :http://r-forge.r-project.org/

答案 2 :(得分:0)

请参阅函数setRepositories的帮助;您可以在GUI中管理存储库列表,也可以编辑文件R_HOME/etc/repositories

您可以直接在R中了解R_HOME的内容:

> R.home()
[1] "/usr/lib/R"