从Python加载环境模块

时间:2017-05-29 01:12:10

标签: python-2.7 subprocess environment-modules

我无法搞清楚这一点。在这种情况下,我想模块加载对齐器 - “bowtie”。以下是我所拥有的代码片段:

cmdModule.c(166):ERROR:11: Usage is 'module command  [arguments ...]

Modules Release 3.2.10 2012-12-21 (Copyright GNU GPL v2 1991):

Usage: module [ switches ] [ subcommand ] [subcommand-args ]`

当我运行我的脚本时,我收到以下消息:

testCmd=['ls', '-l']
subprocess.Popen(testCmd,shell=True)

运行脚本后未加载程序。

使用子进程测试简单命令,例如:

{{1}}

我得到了预期的输出。

1 个答案:

答案 0 :(得分:-1)

从[link](Loading environment modules within a python script

获取提示

以下工作: cmd=os.popen("/usr/bin/modulecmd python load bowtie/2.2.4) exec(cmd))

让别人面对同样的问题,因为没有别的办法。

注意:使用python / 2.7.3,其他环境模块也适用于其他工具。