Question

我在python脚本script.py中运行bash脚本时遇到问题：

import os
bashCommand = """
sed "s/) \['/1, color=\"#ffcccc\", label=\"/g" list.txt | sed 's/\[/    GraphicFeature(start=/g' | sed 's/\:/, end=/g' | sed 's/>//g' | sed 's/\](/, strand=/g' | sed "s/'\]/\"),/g" >list2.txt"""

os.system("bash %s" % bashCommand)

当我以python script.py运行时，没有写list2.txt，但在终端上我看到我在bash-4.4内而不是本机macOS bash。

任何可能导致此问题的想法？

我上面发布的脚本是一个更大的脚本的一部分，首先它读入一些文件并输出list.txt。

编辑：这里有更多描述在第一个python脚本中，我解析了一个文件（genbank文件，具体而言），将包含项目（位置，链，名称）的列表写入list.txt。必须将此list.txt转换为可由第二个python脚本解析，因此sed。

list.txt

[0:2463](+) ['bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I']
[2464:3397](+) ['Homoserine kinase']
[3397:4684](+) ['Threonine synthase']

所有括号:，'必须替换为所需的输出list2.txt

    GraphicFeature(start=0, end=2463, strand=+1, color="#ffcccc", label="bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I"),
    GraphicFeature(start=2464, end=3397, strand=+1, color="#ffcccc", label="Homoserine kinase"),
    GraphicFeature(start=3397, end=4684, strand=+1, color="#ffcccc", label="Threonine synthase"),

Answer 1

使用Python读取文件，使用单个正则表达式解析每一行，并输出从捕获的部分构造的相应行。

import re
import sys

#                         1     2                3
#                        ---   ---              --
regex = re.compile(r"^\[(\d+):(\d+)\]\(\+\) \['(.*)'\]$")
# 1 - start value
# 2 - end value
# 3 - text value
with open("list2.txt", "w") as out:
    for line in sys.stdin:
        line = line.strip()
        m = regex.match(line)
        if m is None:
            print(line, file=out)
        else:
            print('GraphicFeature(start={}, end={}, strand=+1, color="#ffcccc", label="{}"),'.format(*m.groups()), file=out)

我输出的行与未经修改的正则表达式不匹配;您可能希望完全忽略它们或报告错误。

bash 4.4在python中使用os.system

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