Question

我编写了一个小应用程序，用MPI库解决了部分方程式。

对于每个MPI排名，我分配整个网格域来解决。代码的结构如下：

为整个域分配全局数组
使用MPI_Cart_shift
计算名为＆＃34; me＆＃34;
的当前MPI等级的子域（在网格上）的坐标(xs,ys)（开始）和(xe,ye)（结束）
更新当前MPI等级的边界
进入主循环：

// Main loop 
while(!convergence)
{
    step = step + 1;
    t = t + dt ;

    /* Perform one step of the explicit scheme */
    Explicit(x0, x, dt, &resLoc, hx, hy, me, xs, ys, xe, ye, k0);

    /* Update the partial solution along the interface */
    updateBound(x0, NeighBor, comm2d, column_type, me, xs, ys, xe, ye, xcell);

    /* Reduce all cartesian subgrids for convergence */
    MPI_Allreduce(&resLoc, &result, 1, MPI_DOUBLE, MPI_SUM, comm);

    result= sqrt(result);

    if ((result<epsilon) || (step>maxStep)) break;
}

代码保持在主循环中，直到达到收敛。进入Explicit，我计算当前迭代的下一个值。然后，我更新每个子域的deges，然后我发送/接收它们给邻居。

最后，我通过减少误差来计算当前迭代的收敛值。

如果错误小于定义的收敛（result < epsilon），那么我会从这个主循环中断。

然后，我通过执行以下操作收集最终数组xfinal中的所有子域：

MPI_Gather(xtemp,xcell*ycell, MPI_DOUBLE, xfinal, xcell*ycell, MPI_DOUBLE, 0, comm);

然后，我将解决方案（xfinal数组）打印到输出文件中。

我的问题是，不知道如何避免为每个MPI排名分配整个域数组：实际上，如果2D域的大小非常高，则每个单个节点上可能没有足够的RAM内存分配我使用的两个2D数组（x[i][j]和x0[i][j]）。

我不知道每个MPI流程是否可以只分配一个子域：但在这种情况下，如何在它们之间进行通信？我需要一个完整的域来发送和接收进程之间的行/列，不是吗？

如果有人可以帮助我并告诉我是否可以为每个MPI排名分配一个子域？

提前致谢。

是否需要分配整个域网格

0 个答案: