可视化R函数依赖性

Question

对于想要可视化包依赖关系的人来说，有很多资源，但我特别感兴趣的是可视化包中的函数以及它们之间的依赖关系。像miniCRAN这样的工具用于绘制包依赖关系，但是包中的图函数依赖关系有什么可用吗？

例如，假设我的包中只有两个函数。

func1 <- function(n) return(LETTERS[n])
func2 <- function(n) return(func1(n%%26+1))

然后我只想要一个带有两个标记节点的图形和连接它们的边缘，描述func2对func1的依赖性。

我认为有很多软件包具有非常强大的功能依赖性，这样的实用程序可以帮助理解/组织/重构/等。

感谢。

Answer 1

我认为一个更好的选择（建立在mvbutil包的foodweb函数之上）是由Github上的datastorm-open在更通用的visNetwork包之上构建的DependenciesGraph包。

• DependenciesGraph：包和函数之间依赖关系可视化的R包

在我的例子中，我一直在想象我自己的包维护和开发，并对结果非常满意。

library(DependenciesGraph)
library(QualtricsTools) # A package I'm developing
deps <- funDependencies("package:QualtricsTools", "generate_split_coded_comments")
plot(deps)

输出是一个Web服务器（在RStudio的查看器中或在单独的浏览器中查看），允许您通过下拉或单击选择特定功能，放大和缩小，拖动它们，以及等等。对我来说，这比使用基础R绘制foodweb函数的输出要好得多，因为通常很难让文本看起来很好地显示在每个节点的顶​​部，所有的边缘在foodweb图中都有不同的颜色，并且在我看来，基本R绘图函数正在做很多工作以确保绘图的布局可读或清晰。

与mvbutil的foodweb比较：

library(mvbutils)
library(QualtricsTools) 
deps <- foodweb(where="package:QualtricsTools", prune='make_split_coded_comments')
plot(deps)

（对不起，名字有差异，它们真的是相同的功能，我碰巧在重新命名这两个图之间的功能）。

Answer 2

我建议使用foodweb包中的mvbutils函数。

e <- new.env()
e$func1 <- function(n) return(LETTERS[n])
e$func2 <- function(n) return(func1(n%%26+1))

library(mvbutils)
foodweb(where = e)

有关详情，请参阅?mvbtools下的示例。

Answer 3

为了完整起见，作为一个无耻的插件，我正在开发另一个包来解决这个问题：foodwebr。 DependenciesGraphs 包似乎已经好几年没有更新了，我发现 mvbutils::foodweb() 的输出很难解析。所有三个包都使用相同的依赖检测算法。

使用原始示例：

e <- new.env()
e$func1 <- function(n) return(LETTERS[n])
e$func2 <- function(n) return(func1(n%%26+1))

fw <- foodwebr::foodweb(env = e)

fw
#> # A `foodweb`: 2 vertices and 1 edge 
#> digraph 'foodweb' {
#>   func1()
#>   func2() -> { func1() }
#> }

调用 plot() 显示图表（无法上传图片，因为这是我的第一篇文章）：

plot(fw)

您还可以使用 tidygraph::as_tbl_graph() 创建一个 tidygraph 对象，从而为您提供更多绘图和分析选项。

tidy_fw <- tidygraph::as_tbl_graph(fw)

tidy_fw
#> # A tbl_graph: 2 nodes and 1 edges
#> #
#> # A rooted tree
#> #
#> # Node Data: 2 x 1 (active)
#>   name 
#>   <chr>
#> 1 func1
#> 2 func2
#> #
#> # Edge Data: 1 x 2
#>    from    to
#>   <int> <int>
#> 1     2     1

该软件包仍在开发中，但您可以使用 devtools::install_github("lewinfox/foodwebr") 试一试。