Question

我想要合并4列。

CHR POS EFFECT_ALLELE NON_EFFECT_ALLELE
1   124 A             C           
5   378 C             T  
3   398 T             C  
3   564 G             A

我希望它们以下列方式合并： CHR:POS:EFFECT_ALLELE:NON_EFFECT_ALLELE

然而，我想＆＃34; EFFECT_ALLELE：NON_EFFECT_ALLELE＆＃34;按字母顺序合并。

因此，对于上面的行，它将是：

1:124:A:C  
5:378:C:T  
3:398:C:T  
3:564:A:G

所以，对于上面的第三个和第四个例子，它必须是＆＃34; NON_EFFECT_ALLELE：EFFECT_ALLELE＆＃39;

任何人都可以帮我编写合并代码＆＃34; NON_EFFECT_ALLELE＆＃34;和＆＃34; EFFECT_ALLELE＆＃34;按字母顺序排列？

提前致谢！

Answer 1

我们可以先sort数据并执行paste

df1[3:4] <- t(apply(df1[3:4], 1, sort))
do.call(paste, c(df1, sep=":"))
#[1] "1:124:A:C" "5:378:C:T" "3:398:C:T" "3:564:A:G"

或者这可以通过矢量化方式完成，而不是循环遍历每一行来执行sort

with(df1, paste(CHR, POS, pmin(EFFECT_ALLELE, NON_EFFECT_ALLELE), 
        pmax(EFFECT_ALLELE, NON_EFFECT_ALLELE), sep=":"))
#[1] "1:124:A:C" "5:378:C:T" "3:398:C:T" "3:564:A:G"

按字母顺序合并列

1 个答案: