Question

我不确定我在这里做错了什么。当我使用命令行时它似乎正常工作。

我的脚本很简单

!/bin/bash
for file in '*.bed';do

        echo  $file
        bedtools intersect -wa -wb -a /data2/E34_uniq.bed -b $file > $file.tsv;
done

我得到的错误是从目录中读取的所有文件 -

*****ERROR: Unrecognized parameter: GSM2310918_methylcall.Sample_7273.mincov10.bed *****


*****ERROR: Unrecognized parameter: GSM2310919_methylcall.Sample_7301.mincov10.bed *****


*****ERROR: Unrecognized parameter: GSM2310920_methylcall.Sample_7308.mincov10.bed *****

Answer 1

应该是

#!/bin/bash

for file in *.bed; do
    echo "$file"
    bedtools intersect -wa -wb -a /data2/E34_uniq.bed -b "$file" > "${file}.tsv";
done

请注意这里的一些事项，

删除glob扩展中的单引号
在变量中添加双引号以避免分词。
为脚本设置正确的解释器路径以运行#!/bin/bash

bedtools相交，读取从目录中读取的文件时出错

1 个答案: