Question

我使用以下方法将多个栅格图层的中值提取到多边形shapefile中：

#read shapefile
huc12 <- readOGR(dsn=gdb1, layer="HUC12_proj")

#read raster
temp.avg <- raster("projected_climate_rasters/temp_avg_copy")

#extract median of raster for each polygon
huc12$Temp.Avg.Med <- extract(temp.avg, huc12, fun = median)

我将数据转换为数字：

huc12@data <- transform(huc12@data, Temp.Avg.Med = as.numeric(Temp.Avg.Med))

数据似乎全部附加到shapefile;但是，其中一组附加数据似乎已作为矩阵附加。例如， Temp.Avg.Med数据显示在huc12 @ data下：

.. ..$ Temp.Avg. Med: num [1:877000] 962 ...

而另一个（PET_AnCV）显示为：

.. ..$ PET_AnCV : num [1:87700, 1] 94.4 ...

在我尝试编写新的shapefile之前，我没有发现这一点，这给出了以下错误：

> write_shape(huc12, "huc12")
Error in writeOGR(shp, dir, base, driver = "ESRI Shapefile", overwrite_layer = TRUE) : 
Can't convert columns of class: matrix; column names: PET_AnCV

有什么建议吗？（鉴于所涉及的数据，我无法使其重现性，并且无法使用示例shapefile复制。）

Answer 1

这是因为PET_AnCV的值提取是矩阵而不是向量。从多层栅格中提取值时，这是正常的，您可以在其中获得每个要素（<em>即多边形）的行和每层列的矩阵。在这种情况下，您只有一个图层（和列），因此当您将其分配给shapefile时，可以轻松选择相应的列：

vals <- extract(PET_AnCV,huc12)
huc12$PET_AnCV <- vals[,1]

但由于这不是最好的方法，我将进一步解释并举例说明：

您收到的错误消息告诉您整个矩阵已分配到shapefile属性表的一个列中。在R中这很好（因为它是列表中的一个插槽），但是一旦你尝试将文件写入磁盘，就会遇到问题。

您可以使用foreign包的功能将结果存储在shapefile的dbf文件中，而不是尝试将提取的值直接写入shapefile。这是一种更清洁的方法，也可以让您更好地控制自己正在做的事情。如果你的shapefile很大和/或有很多多边形，这也会更快。

至于一个可重复的例子，如何：

我使用奥地利的Admin-1边框（有11个不同的多边形）作为shapefile的吊坠：

# load libraries
library(raster)
library(rgdal)
library(foreign)

# download shapefile which is used for extraction
huc12 <- getData('GADM', country='AUT', level=1)

我需要将它写入磁盘，因为我还没有dbf文件。由于您已经拥有它，因此可以跳过此部分。

# write to disk
writeOGR(huc12,dsn = 'huc12.shp','huc12',driver = 'ESRI Shapefile')

使用一些随机值创建10层栅格砖，以便从中提取：

# create fake value rasterbrick
ras <- raster()
PET_AnCV <- lapply(1:10,function(x) setValues(ras,runif(ncell(ras))))
PET_AnCV <- do.call(brick,PET_AnCV)

现在我提取值并使用cbind将它们附加到dbf文件。变量名称将是与多层栅格的图层名称对应的列名称。如果这些是通用的或描述性不够，您可以使用colnames(vals) <- new_name_vector轻松更改它们。

# extract values and append to dbf
vals <- extract(PET_AnCV,huc12,fun=median)

dbf <- read.dbf('huc12.dbf')
dbf <- cbind(dbf,vals)
write.dbf(dbf,'huc12.dbf')

HTH

R：提取到shapefile的光栅数据作为矩阵添加 - writeOGR中的错误

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