Question

我目前正在使用Bioconductor的'msa'软件包执行多序列比对。我用它来计算共识序列（msaConsensusSequence）和保守分数（msaConservationScore）。这给了我输出值......

e.g。

ConsensusSequence：

 221 -296 579 71 423 etc (str = named num)

（小写= 20％+保护，大写= 80％+保护，。=＆lt; 20％保护）

ConservationScore：

 i     .      l     l    E
 221   -296   579   71   423

我想将这些转换为一个表，其中第一行包含列，其中每个列在共识序列中是不同的字母，第二行是相应的保护分数。

e.g。

var people;

people = [{
    first_name: 'Don Molloy',
    category: 'academic'
  },
  {
    first_name: 'Pat Quill',
    category: 'academic'
  }
];

console.log(people);

var myObj = JSON.parse(people);
document.getElementById("output-people").innerHTML = myObj.name;

有人可以告知最好的方法吗？

由于娜塔莉

Answer 1

对于您在评论中所说的内容，您可以获得如下数据框：

data(BLOSUM62)
alignment <- msa(mySequences)
conservation <- msaConservationScore(alignment, BLOSUM62)

# Now create the data fram
df <- data.frame(consensus = names(conservation), conservation = conservation)
head(df)

    consensus conservation
1         T          141
2         E          160
3         E          165
4         E          325
5         ?          179
6         ?           71
7         T          216
8         W          891
9         ?           38
10        T          405
11        L          204

如果您想转置它，您可以：

df <- t(df)
colnames(df) <- 1:ncol(df)

R：将共识输出转换为数据帧

1 个答案: