要重写这个问题，因为我已经获得了大量更新信息。
我的问题如下：
我有一个带有1个主节点和1个从节点的EMR集群。 Slave节点配置为可以自由访问开放的互联网（我知道这是一个安全风险）。
当我使用仅仅调用sudo yum -y update的引导操作设置此集群时，它会失败，说从属节点上的引导操作失败（它总是在主节点上成功）
但是，如果SSH进入Slave节点并手动尝试执行sudo yum -y update，则操作在5.5.0 EMR包上成功。
我无法进一步调试为什么会发生这种情况，因为尽管我已经正确配置了它，但是EMR不会将任何日志复制到S3（日志复制最多是零星的）并且CloudWatch不会获取任何日志来自VPC，这使调试这个问题相当模糊。
任何信息都将受到赞赏。
编辑：我能够使我的CloudWatch VPC日志正常工作（显然我的IAM没有上传日志的信任关系），它显示了很多REJECT，而主节点似乎没有显示任何拒绝。这让我觉得有一些自动配置正在进行并妨碍我正确下载yum包？
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在传统上提出晦涩难懂的问题并设法自行解决问题，让我分享一下我的缓解。
事实证明这是EMR-5.5.0发布标签中的一个问题。降级到EMR-5.3.0修复了我的脚本问题，现在脚本按预期正常执行。
似乎可能在5.5.0中更改了脚本执行的时间/方式。