Question

我在Python 3.6.0中使用Spyder3.1.4 Anaconda 4.3.0（64位）|和IPython 6.0.0。

我的脚本相当长，使用相同的公式和一系列不同的系数计算一系列分子指数。该脚本使用np.savetxt()很多次，但一次使用会产生标题错误。有问题的行是np.savetxt(name_s,I_z)，其中I_z是单个数字float64，大小为1。

如果我注释掉包含np.savetxt语句的行，则脚本将运行至完成状态np.savetxt(name_s,I_oe)其中I_oe为float64个数字，但其大小为（1））。

现在，在我看来，np.savetxt语句中名称的大小不同会导致错误，但我该如何纠正呢？谷歌尚未找到解决方案。

以下是该脚本的缩写副本：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Apr  8 15:17:07 2017

@author: comp

Copyright (c) 2017 Stephen P. Molnar, Ph.D.  All rights reserved.

"""
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np


start=1
finish=31
points=300

s = np.linspace(start, finish, points)
np.savetxt('s',s)

name = input("Enter Molecule ID: ")

name_in = name+'.dat'

dtype = [('NO', int), ('LB', 'S2'), ('ZA', float), ('FRAG', int),
         ('MASS', float), ('X', float), ('Y', float), ('Z', float)]
data = np.genfromtxt(name_in, dtype=dtype, skip_header=3)

N =  data.shape[0]  
a = np.array([data['X'], data['Y'], data['Z']])
anrows, ancols = np.shape(a)
a_new = a.reshape(anrows, 1, ancols)

diff = a_new - a

D = (diff ** 2).sum(2)
D = np.sqrt(D)
r = D

def eq7(a, s, Z):
    """
    Computes equation 7 in Molnar & King (2001)
    """
    N = r.shape[0]
    I = np.zeros(s.shape)
    for i in range(1, N):
        for j in range(i):
            I += Z[i] * Z[j] * np.sin(s * r[i, j])/(s * r[i, j])

    return I

I = eq7(r, s, data['ZA'])

name_s = name+'-Iz'
np.savetxt(name_s,I)

I_sq = []
I_sq = I**2
Area = []

name_s = name+'-Iz'

Area = np.trapz(I_sq,x=None,dx=0.01,axis=-1)
I_z = np.sqrt(Area)

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
ax.plot(s.T, I)
fig.gca().set_xlabel("Distance (Å)")
plt.ylabel('Atomic Number Transform (FT$_z$)')
plt.show()
print('FTz: ',I_z)
name_s = name+'-FTz'
print(name_s)
np.savetxt(name_s,I_z)

这是输入文件：

CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
----------------------------
  NO LB      ZA    FRAG     MASS         X           Y           Z
   0 C     6.0000    0    12.011    0.000000    0.000000    0.000000
   1 H     1.0000    0     1.008    2.059801    0.000000    0.000000
   2 Br   35.0000    0    79.900   -1.203126    3.402953    0.000000
   3 Cl   17.0000    0    35.453   -1.108639   -1.567853    2.715601
   4 F     9.0000    0    18.998   -0.938564   -1.327330   -2.299003

test.py中的

行76导致了问题。

问题解决了：

np.savetxt（name_s，I_z）应为：np.savetxt（name_s，[I_z]）

python 3 np.savetxt（name_s，I_z）生成IndexError：元组索引超出范围

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