Question

我尝试使用Python 2.7中的ElementTree解析XML文件中的信息。

XML文件具有以下结构：

 <EXPERIMENT_PACKAGE_SET>
    <EXPERIMENT_PACKAGE>
        <SAMPLE>
            <IDENTIFIERS>
                <PRIMARY_ID>ERS1486582</PRIMARY_ID>
                <EXTERNAL_ID>SAMEA36350668</EXTERNAL_ID>
            </IDENTIFIERS>
            <SAMPLE_ATTRIBUTES>
                <SAMPLE_ATTRIBUTE>
                    <TAG>collection date</TAG>
                    <VALUE>2011</VALUE>
                </SAMPLE_ATTRIBUTE>
                <SAMPLE_ATTRIBUTE>
                    <TAG>geographic location</TAG>
                    <VALUE>USA</VALUE>
                </SAMPLE_ATTRIBUTE>
                ...
            </SAMPLE_ATTRIBUTES>
        </SAMPLE>
    ...
    </EXPERIMENT_PACKAGE>
</EXPERIMENT_PACKAGE_SET>

它包含许多＆＃34; Sample＆＃34;我想循环的模块，从＆＃34;标识符＆＃34;解析一些信息。模块，然后在他们的＆＃34;样本属性列表中再次循环＆＃34;将它们存储在一个文件中，包括每个文件的标记和标记。和＆＃34;价值＆＃34;。这些数据不是标准化的（即属性标签不总是匹配）所以我想为每个样本输出所有这些数据。我编写了这段代码，它与其他具有相同结构的XML文件一起使用：

# import the XML file
e = xml.etree.ElementTree.parse('file.xml').getroot()
# create output file
file = open('output.txt','w')
# loop over all "Sample" modules
for i in range(0,len(e.findall('EXPERIMENT_PACKAGE/SAMPLE'))):
    node = e.findall('EXPERIMENT_PACKAGE/SAMPLE')[i]
    accession = node.find('IDENTIFIERS/PRIMARY_ID').text
    sample = node.find('IDENTIFIERS/EXTERNAL_ID').text                
    # loop over the list of attributes and print 'accession', 'sample', and for each attribute, 'tag' and 'value'   
    for attribute in node.findall('SAMPLE_ATTRIBUTES/SAMPLE_ATTRIBUTE'):
           file.write(accession + '\t' + sample + '\t' + str(attribute.find('TAG').text) + '\t' + 
           str(attribute.find('VALUE').text) + '\n')
file.close()

此代码过去有效，它应该输出如下：

> ERS1486582    SAMEA36350668   collection date 2011
> ERS1486582    SAMEA36350668   geographic location USA 
> ...

但是这个特殊的XML文件给了我一个错误：

AttributeError：＆＃39; NoneType＆＃39;对象没有属性＆＃39; text＆＃39;

我猜有些元素没有值？在写出值之前，我怎么能尝试检查元素是否不是NoneType？我试过添加“如果＆＃39;条件如：

if attribute.find('VALUE').text is not None:

在第二个＆＃39;中＆＃39;循环（在输出文件中写入之前），但它也没有工作。非常感谢你的帮助，如果我没有清楚地表达自己，那就很抱歉。

使用elementtree解析XML文件：＆＃39; NoneType＆＃39;对象没有属性＆＃39; text＆＃39;

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