我正在准备Rmarkdown( knitr 版本1.15.1)中的文档,以包含bash和R(版本3.3.1)中的代码。
目前,我只对打印出代码块感兴趣,而不对它们进行评估。
一切正常,除非我在我的bash块中包含一个float(一个带小数点的数字),这会导致回显的输出在小数点之间被截断,如下所示:
```{bash echo = TRUE, eval=FALSE}
usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95 -sort length \
-strand both -centroids Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.fasta \
-uc Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.clusters
```
产生以下html输出:
usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95.clusters
基本上截断第一个0.95
和最后一个之间的任何内容
当我运行相同的代码时,作为shell
块:
```{shell echo = TRUE, eval=FALSE}
usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95 -sort length \
-strand both -centroids Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.fasta \
-uc Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.clusters
```
输出符合预期:
usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95 -sort
length -strand both -centroids combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.fasta -uc
Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.clusters
知道代码被截断的原因以及为什么代码格式化方式存在差异?
谢谢!