包括浮点数(带小数点的数字)会截断Rmarkdown和knitr

时间:2017-05-10 04:11:27

标签: r knitr r-markdown

我正在准备Rmarkdown( knitr 版本1.15.1)中的文档,以包含bash和R(版本3.3.1)中的代码。
目前,我只对打印出代码块感兴趣,而不对它们进行评估。 一切正常,除非我在我的bash块中包含一个float(一个带小数点的数字),这会导致回显的输出在小数点之间被截断,如下所示:

```{bash echo = TRUE, eval=FALSE}
usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95 -sort length \
-strand both -centroids Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.fasta \
-uc Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.clusters
```

产生以下html输出:

usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95.clusters

基本上截断第一个0.95和最后一个之间的任何内容 当我运行相同的代码时,作为shell块:

```{shell echo = TRUE, eval=FALSE}
usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95 -sort length \
-strand both -centroids Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.fasta \
-uc Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.clusters
```

输出符合预期:

usearch -cluster_fast Combined_P_maxima_assemblies.fasta -id 0.95 -sort
length -strand both -centroids combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.fasta -uc 
Combined_P_maxima_assemblies.uclust0.95.clusters

知道代码被截断的原因以及为什么代码格式化方式存在差异?

谢谢!

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