无法使用OpenMPI安装mpi4py:无法编译MPI程序

时间:2017-05-09 12:08:56

标签: python ubuntu openmpi mpi4py

这是我在这里的第一篇文章,如果我的风格错了,请道歉!

我一直在尝试使用python 3.6在Ubuntu 16.04上安装mpi4py(因为SU2需要并行处理)。我下载了mpi4py并尝试从源代码构建,因为我想使用我配置的OpenMPI库,并尝试了以下内容:

sudo python setup.py build --mpicc=/opt/openmpi/openmpi-2.1.0/bin/mpicc

然而,它最终失败了"错误:无法链接MPI程序。检查你的配置!!!"

查看SU2和mpi4py文档,他们建议使用pip。我也试过这个:

sudo pip install mpi4py

env MPICC=/opt/openmpi/openmpi-2.1.0/bin/mpicc pip install mpi4py但他们也犯了同样的错误。

我保存了两个输出 - 请参阅attachments的链接。它似乎从我的NVIDIA CUDA安装中获得了很多文件,但我不确定原因。

我是编辑程序的初学者,所以如果有人能对此有所了解,我会很感激吗?感谢。

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

虽然它是一个旧帖子,但我会发布我的答案可能会帮助其他人。

我通过以下命令解决了这个问题:

sudo apt install libopenmpi-dev
 
pip install mpi4py` 

答案 1 :(得分:0)

对于任何正在努力解决这个问题的人来说,事实证明这是一些因素。主要是,mpi4py没有正确构建,因为我的MPI(openMPI)实现没有正确构建。在现有的超级计算机和全新的Linux安装上,有许多因素可以区分构建程序。

我可以推荐的一些疑难解答提示是:

  1. 确保使用unset

  2. 清除安装所不需要的任何环境变量
  3. 使用module unload卸载可能干扰安装的所有模块。在已经加载了其他几台计算机的超级计算机上构建自己的MPI实现时尤其如此。

  4. 检查$PATH变量是否存在可能污染安装的位置(不要忘记订单很重要)!您可能希望临时设置一个更清晰的PATH变量,以确保构建选择正确的库。

  5. 希望这有帮助。

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