砰砰。错误：保持后没有人留下

Question

我尝试使用Plink 1.9从名为allconcat39.vcf的文件中对来自ACB群体的个体进行分组。为此，我在R中创建了一个名为indACB的文本文件（制表符分隔），如下所示：

head indACB.txt 
684_HG01879 684_HG01879
685_HG01880 685_HG01880
686_HG01882 686_HG01882
687_HG01883 687_HG01883
688_HG01885 688_HG01885
689_HG01886 689_HG01886
690_HG01889 690_HG01889
691_HG01890 691_HG01890
694_HG01894 694_HG01894
695_HG01896 695_HG01896

当我运行以下代码时：

./plink --vcf allconcat39.vcf --keep indACB.txt --recode --out allconcat39ACB

发生以下错误：

Error: No people remaining after --keep.

我确定vcf和indACB.txt文件具有兼容的个人ID和样本ID。我不知道问题可能在哪里。有什么想法吗？提前谢谢！

Answer 1

Christopher Chang在另一个论坛上解决了这个问题：在你的命令行中添加--double-id;否则plink会对待＆＃39; _＆＃39;作为FID和IID之间的分隔符。