Question

我有这样的数据集

set.seed(1)
a = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
b = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
c = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
d = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
df = as.data.frame(cbind(a, b, c, d))

我想要一张桌子

   c   d
a 0.5 0.1
b 0.8 0.3

其中cols和rows是变量和单元格 - 变量之间的相关系数。

我做如下

for(j in df[, 1:2])           {
for(i in df[, 3:4]) {

  k=abs(cor.test(j, i, method = c( "spearman"))$estimate)
  cat(k, '\n')
  y <- rbind(y, k)
}}
y

并获取

rho
k 0.175757576
k 0.006060606
k 0.151515152
k 0.054545455

我使用了这篇文章Using double loop to fill a matrix in R

mat<-matrix(list(c(NA,NA)), nrow=2, ncol=2)
for(j in df[, 1:2])           {
  for(i in df[, 3:4]) {

    mat[i,j][[1]]=abs(cor.test(j, i, method = c( "spearman"))$estimate)

  }}
mat

我得到了

     [,1]      [,2]     
[1,] Logical,2 Logical,2
[2,] Logical,2 Logical,2

如何填表？或者我可以不循环填充它吗？

在真实数据集中，许多变量和我无法使用ggpairs等工具

Answer 1

我会计算df一次的相关矩阵，然后根据需要对我需要的任何组合进行子集化。这样，您就不必多次运行cor。

m = cor(df, method = "spearman")
m[row.names(m) %in% c("a","b"), colnames(m) %in% c("c","d")]
#           c           d
#a 0.05454545 -0.40606061
#b 0.75757576  0.05454545

Answer 2

函数cor()可以做到：

set.seed(1)
a = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
b = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
c = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
d = abs(rnorm(10, mean = 0, sd= 1))
#### df = as.data.frame(cbind(a, b, c, d)) # not used
cor(cbind(a,b), cbind(c,d))
# > cor(cbind(a,b), cbind(c,d))
#           c          d
# a 0.5516642 -0.3918783
# b 0.8200195  0.1474773

您可以abs()获得所需的结果：

abs(cor(cbind(a,b), cbind(c,d)))
# > abs(cor(cbind(a,b), cbind(c,d)))
# c         d
# a 0.5516642 0.3918783
# b 0.8200195 0.1474773

斯皮尔曼：

abs(cor(cbind(a,b), cbind(c,d), method = "spearman"))
# > abs(cor(cbind(a,b), cbind(c,d), method = "spearman"))
# c          d
# a 0.05454545 0.40606061
# b 0.75757576 0.05454545

如果您想使用数据框，可以执行以下操作：

df = as.data.frame(cbind(a, b, c, d))
rm(a,b,c,d) ### to be sure that a, ..., d are from the dataframe.
with(df, abs(cor(cbind(a,b), cbind(c,d), method = "spearman")))

或

abs(cor(df[,c("a", "b")], df[,c("c","d")], method = "spearman"))

双循环填充相关矩阵

2 个答案: