在Ubuntu升级到R 3.4.0和最新的rstudio之后,rstudio崩溃了,“r error 4”

时间:2017-04-27 18:45:05

标签: r linux ubuntu rstudio

几天前,我使用

从R 3.3.3升级到R R 3.4.0
./configure  --enable-r-shlib
make
sudo make install
dpkg -i rstudio-1.0.143-amd64.deb

从命令行开始,R非常有效:

> R.version

platform       x86_64-pc-linux-gnu         
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          3                           
minor          4.0                         
year           2017                        
month          04                          
day            21                          
svn rev        72570                       
language       R                           
version.string R version 3.4.0 (2017-04-21)
nickname       You Stupid Darkness         
> require(utils)

> .libPaths()

[1] "/usr/local/lib/R/library"

但是,rstudio在启动时崩溃了。命令行给出:

> rstudio

"TypeError: undefined is not an object (evaluating 'window.desktopHooks.notifyRCrashed')"
QIODevice::read: device not open
QIODevice::read: device not open

此外,界面弹出窗口显示:

The R session had a fatal error.

ERROR r error 4 (R code execution error) [errormsg=Error in as.environment(pos) : 
  no item called "package:utils" on the search list
]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::r::exec::evaluateString(const string&, SEXPREC**, rstudio::r::sexp::Protect*) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/r/RExec.cpp:302

在手动rm -rf~ / .rstudio-desktop和各种其他文件夹〜/ .R *后,我已经多次卸载并重新安装了R和rstudio,如帖子中所示。不过,没有rstudio。 我在这台机器上找不到任何其他已安装的R版本。 我可以尝试下一步来解决这个问题吗?

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

完全没有问题使用prebuilt R 3.4.0 binaries for Ubuntu from CRAN以及来自RStudio的当前日报(我有一个littler script to fetch them,也看到matching one for RStudio Desktop):< / p>

R> R.Version()$version
[1] "R version 3.4.0 (2017-04-21)"
R> rstudioapi::getVersion()
[1] ‘1.1.135’
R> 

如果您自己构建的R不起作用,也许您可​​以尝试我们许多人使用的预构建的?

编辑:现在问题已经格式化,no item called "package:utils" on the search list的错误更加明显。你可能会告诉R忽略它自己的包。你需要解决这个问题。您的安装基本上是残废的。因此,请考虑预先构建的二进制文件。 他们工作。

答案 1 :(得分:1)

我的猜测,基于这一点输出:

> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/library"

您是否尝试使用与R 3.3相同的库路径?这不会飞 - R软件包在次要版本的R之间不能交叉兼容。您必须重新安装要用于R 3.4.0的任何R软件包。